| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,560,996 | G→T | 22.8% | intergenic (+98/‑372) | yffL → / → yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein YffL/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein YffM |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,560,996 | 0 | G | T | 22.8% | 141.9 / 13.0 | 73 | intergenic (+98/‑372) | yffL/yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein YffL/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein YffM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/25); new base T (5/13); total (35/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.04e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTCGCCG > NC_000913/2560850‑2561145 | ggAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTa < 1:459646/150‑1 (MQ=255) tGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGt < 2:1049820/150‑1 (MQ=255) tGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCCTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAATTTGCCGTTAAGGt > 1:1187792/1‑150 (MQ=255) gCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTg < 2:93966/150‑1 (MQ=255) gCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGGTGGGTAAAAAGTTGACGTTAAggag > 1:421886/1‑148 (MQ=255) gCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGATTATGTTGGGTCAAAATTTGAATTTAAggag > 2:812028/1‑148 (MQ=255) cAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAaggagg > 1:896806/1‑150 (MQ=255) aaCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggt < 1:1032324/150‑2 (MQ=255) aaCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:427110/150‑1 (MQ=255) aaCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 2:323698/150‑1 (MQ=255) aCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt > 1:663530/1‑150 (MQ=255) aCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt < 1:1130766/150‑1 (MQ=255) aCCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGTGTAAAATTTTGCCTTTTAGGTGTGTGaaatt > 1:1330997/1‑148 (MQ=255) aCCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAGTGGTGGGTAAAAAGTTGACTTAAAGGTGGGTGaatat > 1:640378/1‑147 (MQ=255) ccAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGt < 1:658267/150‑1 (MQ=255) cAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAATTTGCCGTTAAGGTGTGTAAAAAGtt > 1:333511/1‑150 (MQ=255) ttaatttttCAAGCAGTACAACATGAAATAAAGGAATCAGGCTTGCATTTTTCCCGCCATTTCTTTTCG‑TTTATTTAATGAATTCAGGTGGGTAAATTGTTGCCGTTAGTTGTGGGTCAAAAGTTTCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGc < 2:441808/147‑1 (MQ=19) ttattaTTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:28184/150‑1 (MQ=255) attattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGt < 1:1397400/150‑1 (MQ=255) ttCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg < 1:744038/150‑1 (MQ=255) tCAAGCAGTAGAACATGAAATAACGGAATCAGTCTTGCAATGTTCACGCATTTTGTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGGCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgg < 2:1321369/150‑1 (MQ=37) ccGTACAACATGAAATTACGGAATCAGTATTGCAATTTTTACTCCTTTTCTTTTCC‑TTAATTCAATGAATTCAGGTGGGTAAAATGTTGCCGTTAGTTTTGGGTAAAAAGTTTCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt < 2:617167/150‑1 (MQ=25) caacaTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAAGGGGGGTCAAAAGTTGCAGTGAAGggggcggaaaa > 1:825549/1‑143 (MQ=255) aacaTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAg < 2:1641940/150‑1 (MQ=255) caTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGtt > 1:360380/1‑150 (MQ=255) aTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTg > 1:404026/1‑150 (MQ=255) tGAAATAACTGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGc < 1:1319052/150‑1 (MQ=255) tGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTaa > 2:1460049/1‑110 (MQ=255) tGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTaa < 1:1460049/110‑1 (MQ=255) tAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGt < 1:1134532/150‑1 (MQ=255) aaCGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTa > 1:830356/1‑150 (MQ=255) cGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTTAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAg < 1:500272/150‑1 (MQ=255) ggAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGACAAAAGTTGCCGGTAAGGTGGGTCAACAGTTGCCGAGTAAGa > 1:726015/1‑150 (MQ=255) aTCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTACTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGAGTCAAAAGTTGCAGAAAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGagaaagaagt > 2:1572519/1‑148 (MQ=37) aGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTAGGGGGGGCACATGTTGCCGAGTAAGAAGTcta > 1:1310731/1‑150 (MQ=37) ggCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGTTGGGTCAAAATTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAATTTGAAGATAAGGTGTGTCAAAATTTGCAGAGAAAGAATTctaa > 2:207539/1‑149 (MQ=37) ttCACGCATTTTCTTTCCCATTAATT‑AATGAATTCTGTTGTGTATAAATTAGGCTTTATTGTGGGGTAAATTCTTGCCTTTAAGTTGGGTCAAATGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAAtt < 2:333511/150‑1 (MQ=255) ttttGTTTTCC‑TTAATTTATTGAATTCAGTTTGGTTAAATTTTGGCTTTTTTGTTGGTTAAATTGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCATTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGa < 2:421886/150‑1 (MQ=19) ttttCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCCTTACTGGTGGGTAAAAACTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGa < 1:1457947/150‑1 (MQ=38) tttGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGGTGTGTAAAAATTTGCCTTTAAGGAGGCTAAAAATTTGAAGTAAAGGTGGCGGAAAATTTGAAGAGAAACAATTATACAATTAAAAATAATACGCGACGTGa > 2:1561344/1‑150 (MQ=255) c‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAACGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGACTTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGtttt > 1:1228432/1‑150 (MQ=255) ttAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGAGGGTCAAAATTTGACGTTAAGGTGGCGGAAATTTTGACGAGTAACAATTCTACAATTAAAAATTCTACGCGACGAGAAttttt > 2:954465/1‑150 (MQ=25) aaatCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTACTGGTGGGTCAAAACTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTa < 1:419395/147‑1 (MQ=255) ccATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTAGGTGGGGGAAATTTTGACGAGGAAGGATTCTACAATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGcat > 1:674669/1‑148 (MQ=25) tGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGACGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTTCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTATAGGCGACGGGAGTTTTTTAGACtaac > 2:152338/1‑147 (MQ=38) tGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGGTGGGTAAAAAGTTCCAGTTTAGCAGTCTCAAATTTTTAAGTTAACCTGTCTGAAAAGTTGACCAGTAATAAGACGACTATAAAGAAATCAAGGAGACGGGATTATTTTATCCtgat > 2:829240/1‑147 (MQ=255) gAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGAGGGTCAAAATTTGCAGATTACGTGGGTCAAAATTTGACGAGTAAGCATTATAATATTAAAAATTCTAGGCGACGTGAGATTTTTAGACtaacg > 2:970662/1‑146 (MQ=21) aaTTCAGGTGGGTAAAAATTAGGCCTTATTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCcgg < 1:812028/150‑1 (MQ=37) aTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTACTGGTGGGTCAAAATTTGCCGTTAAGGAGTGTCAAAAGTTGACGTAAAGGTGGGTCAAAATTTGACGAGTAAGAATTATAAAATTAAAAATTCTAGGCCACGGGAGTTTTTTAGACTAAcggt > 2:943707/1‑150 (MQ=25) cAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTACcggtcgg > 1:373857/1‑150 (MQ=255) aaGGTGGCTCAAAAGATGTAGTTATGGGTGGTTCATTTCTTGCCTTTTATTTGGGTTAAATGTTTCATTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCcggtcgg < 2:1169302/149‑1 (MQ=255) tgtaaaaaTTTGCCCTTAGTGGTGGGTCAACACTTGCCGTCAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATag < 2:536599/146‑1 (MQ=38) ggTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGGCGTTAAGGTGGGTCAAAATTTGCAGAGTAAGAATTCGACAATTTAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATag > 1:536599/1‑150 (MQ=38) gTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGACAAAAGTTGCCGTTAAGGTGTTTCAAAATTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAATTTTAAGAGTAAGAATTCTAAAATTAAGAATACAAGGCGAAGGAAGATTTTTATAATACCGCTCGGTAATaga > 2:495583/1‑150 (MQ=19) aaaaaGTTGCCTTTAATGGTGGGTAATAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTAAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATagaga < 2:1652434/149‑1 (MQ=38) aattgTTGGCGTTTGTGGTGGGTCACAACCTGCCGTTATGGTGGGTCAAAAGTTTCCGTTTTGGTGGGTCAATAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTTGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATagagag < 2:336227/146‑1 (MQ=255) aaaaGTAGGCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATagagag < 1:1433419/150‑1 (MQ=255) tctctccGTTACTGGGGGTTCAATTCTTGCCTTTAAGGTGGGTAAAAAGTTGCATTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCg < 2:572697/145‑1 (MQ=255) tttccGTTAGTGGTCGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGcc < 1:1550707/147‑1 (MQ=255) ggctttATTGGTGGGTAAATAGTTGCCTTTAAGTTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTa < 2:663530/146‑1 (MQ=38) ccGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTag > 1:1040508/1‑150 (MQ=255) tgggggGTATAATGTTGCCTTTTAGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTaaa < 2:825549/150‑1 (MQ=38) ggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTaaaa > 2:1306147/1‑149 (MQ=255) ggtggCTCACAACTTGCCGTTAAGGTGCGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAAc < 1:536479/150‑1 (MQ=255) ggggggTCAATAGTAGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTTGGTCAAAAGGTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAAc < 2:234327/147‑1 (MQ=39) tttatatgTTGCCTTTAAGTTGGGTCAAATGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACagaag < 2:896806/143‑1 (MQ=255) gTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACagaag > 1:173971/1‑150 (MQ=255) aaaGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGt < 1:1109423/136‑1 (MQ=255) aaaGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGt > 2:1109423/1‑136 (MQ=255) aaaGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAatt > 1:1022971/1‑150 (MQ=255) aaaGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGATGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGACGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAatt > 1:1200118/1‑150 (MQ=255) ttGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTAttt < 1:893261/150‑1 (MQ=255) tGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTc > 2:1095264/1‑150 (MQ=255) gTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCACGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACATAAGAATTATTTcgccg > 2:422209/1‑150 (MQ=255) | GGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCC‑TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTCGCCG > NC_000913/2560850‑2561145 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |