| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,611,186 | C→A | 6.4% | Q161K (CAG→AAG) | hyfI → | hydrogenase 4 catalytic subunit HyfI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,611,186 | 0 | C | A | 6.4% | 284.9 / 4.7 | 84 | Q161K (CAG→AAG) | hyfI | hydrogenase 4 catalytic subunit HyfI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (46/32); new base A (4/2); total (50/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGGTGTCGGCGGCGGTATTTTCCACGATCTCTACAGCGTCTGGGGCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACAGAAGATTCACGCTGTGGATTATCGCGATCCCACCGGGGTGACTATGCAACCGTTGTGGCCGCAGATCCCGCCATCACAGCGTATCGCCATTGAGCGAGAAGCGCGGCGGCTGGCGGGCTATCGTCAGGGGCGAGAAATTTGCGATCG > NC_000913/2611037‑2611334 | gCGGTGTCGGCGGCGGTATTTTCCACGATCTCTACAGCGTCTGGGGCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAAc < 2:1495112/150‑1 (MQ=255) cGGTGTCGGCGGCGGTATTTTCCACGATCTCTACAGCGTCTGGGGCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACa < 1:1614095/150‑1 (MQ=255) ggTGTCGGCGGCGGTATTTTCCACGATCTCTACAGCGTCTGGGGCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAAAag > 1:685018/1‑150 (MQ=255) gtgtCGGCGGCGGTATTTTCCACGATCTCTACAGCGTCTGGGGCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACaga < 1:575339/150‑1 (MQ=255) tgtCGGCGGCGGTATTTTCCACGATCTCTACAGCGTCTGGGGCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACagaa < 2:124926/150‑1 (MQ=255) cggcggcggTATTTTCCACGATCTCTACAGCGTCTGGGGCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACAGAAGAt > 2:972924/1‑150 (MQ=255) ggcggcggTATTTTCCACGATCTCTACAGCGTCTGGGGCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACAGAAGAtt > 2:826652/1‑150 (MQ=255) gcggTATTTTCCACGATCTCTACAGCGTCTGGGGCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACAGAAGATTCACg > 2:705543/1‑150 (MQ=255) gTATTTTCCACGATCTCTACAGCGTCTGGGGCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACAGAAGATTCACGCtg > 2:1344867/1‑150 (MQ=255) tttCCACGATCTCTACAGCGTCTGGGGCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACAGAAGATTCACGCTGTGGa < 1:666786/150‑1 (MQ=255) ttCCACGATCTCTACAGCGTCTGGGGCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACAGAAGATTCACGCTGTGGAt > 1:864336/1‑150 (MQ=255) cACGATCTCTACAGCGTCTGGGGCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACAGAAGATTCACGCTGTGGATTAt > 1:1194933/1‑150 (MQ=255) cACGATCTCTACAGCGTCTGGGGCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACAGAAGATTCACGCTGTGGATTAt > 2:1018873/1‑150 (MQ=255) gATCTCTACAGCGTCTGGGGCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACAGAAGATTCACGCTGTGGATTATcgc < 1:1490041/150‑1 (MQ=255) aTCTCTACAGCGTCTGGGGCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACAGAAGATTCACGCTGTGGATTATcgcg < 2:163588/150‑1 (MQ=255) tctACAGCGTCTGGGGCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACAGAAGATTCACGCTGTGGATTATCGCGATc > 1:510916/1‑150 (MQ=255) tctACAGCGTCTGGGGCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACAGAAGATTCACGCTGTGGATTATCGCGATc < 2:1452422/150‑1 (MQ=255) tctACAGCGTCTGGGGCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTGTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACAGAAGATTCACGCTGTGGATTATCGCGATc < 2:1540870/150‑1 (MQ=255) ctACAGCGTCTGGGGCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACAGAAGATTCACGCTGTGGATTATCGCGATcc > 2:1102781/1‑150 (MQ=255) tACAGCGTCTGGGGCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACAGAAGATTCACGCTGTGGATTATCGCGATccc > 2:1041414/1‑150 (MQ=255) cAGCGTCTGGGGCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACAGAAGATTCACGCTGTGGATTATCGCGATCCCAc > 2:1656545/1‑150 (MQ=255) gCGTCTGGGGCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACAGAAGATTCACGCTGTGGATTATCGCGATCCCACCg > 1:1286520/1‑150 (MQ=255) cGTCTGGGGCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACAGAAGATTCACGCTGTGGATTATCGCGATCCCACCgg > 1:243301/1‑150 (MQ=255) tCTGGGGCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACAGAAGATTCACGCTGTGGATTATCGCGATCCCACCgggg < 1:1115790/150‑1 (MQ=255) tGGGGCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACAGAAGATTCACGCTGTGGATTATCGCGATCCCACCGGGGTg < 2:4834/150‑1 (MQ=255) gggCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCCCCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACAGAAGATTCACGCTGTGGATTATCGCGATCCCACCGGGGTGAc > 1:1571881/1‑150 (MQ=255) gggCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCCCCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACAGAAGATTCACGCTGTGGATTATCGCGATCCCACCGGGGTGAc > 2:825387/1‑150 (MQ=255) ggCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACAGAAGATTCACGCTGTGGATTATCGCGATCCCACCGGGGTGACt > 2:460079/1‑150 (MQ=255) ggCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACAGAAGATTCACGCTGTGGATTATCGCGATCCCACCGGGGTGACt > 2:1276406/1‑150 (MQ=255) ggCGGTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCCCGGTTTGCTGCATCAGAAGATTCACGCTGTGGATTATCGCGATCCCACCGGGGTGACt < 2:1248368/150‑1 (MQ=255) ggTAGCGACACCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACAGAAGATTCACGCTGTGGATTATCGCGATCCCACCGGGGTGACTATg < 1:705543/150‑1 (MQ=255) acCATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACAGAAGATTCACGCTGTGGATTATCGCGATCCCACCGGGGTGACTATGCAACCGTtg < 2:1071600/150‑1 (MQ=255) ccATTGTCCCCATTGATGTTTGGATCCCCGGCTGCCCGCCAACACCGGCCGCCACCATTCACGGTTTCGCCGTGGCGCTCGGTTTGCTGCAACAGAAGATTCACGCTGTGGATTATCGCGATCCCACCGGGGTGACTATGCACCCGTtgt > 1:314708/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |