Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,620,216 | C→T | 9.6% | intergenic (‑56/+30) | uraA ← / ← upp | hypothetical protein/uracil phosphoribosyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 2,620,216 | 0 | C | T | 9.6% | 303.4 / 16.1 | 104 | intergenic (‑56/+30) | uraA/upp | hypothetical protein/uracil phosphoribosyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (53/41); new base T (8/2); total (61/43) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.41e-01 |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
GCACCAAACATGGCGAACAAATGTTGCAAACTAAGCGGGATTGTCTGTAAAAGTGGCGGTCTTTCACTCACCCCGATAGCACGGCGCGTCATAGTATTATCCTCTGTATTATGTGTTATAGGCGCTTTACTCAAAAAAAAGCCGACTCTTAAAGTCGGCTTTAATTATTTTTATTCTTTATTTCGTACCAAAGATTTTGTCACCGGCATCGCCGAGGCCCGGAATAATGTATCCGTGCTCGTTCAGTCCCTGATCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTC > NC_000913/2620069‑2620365 | gCACCAAACATGGCGAACAAATGTTGCAAACTAAGCGGGATTGTCTGTAAAAGTGGCGGTCTTTCACTCACCCCGATAGCACGGCGCGTCATAGTATTATCCTCTGTATTATGTGTTATAGGCGCTTTACTCAAAAAAAAGCCGACTCtt < 2:1088810/150‑1 (MQ=255) ccAAACATGGCGAACAAATGTTGCAAACTAAGCGGGATTGTCTGTAAAAGTGGCGGTCTTTCACTCACCCCGATAGCACGGCGCGTCATAGTATTATCCTCTGTATTATGTGTTATAGGCGCTTTACTCAAAAAAAAGCCGACTCTTaaa > 1:637820/1‑150 (MQ=255) ccAAACATGGCGAACAAATGTTGCAAACTAAGCGGGATTGTCTGTAAAAGTGGCGGTCTTTCACTCACCCCGATAGCACGGCGCGTCATAGTATTATCCTCTGTATTATGTGTTATAGGCGCTTTACTCAAAAAAAAGCCGACTCTTaaa > 1:1488282/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |