| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,658,422 | C→G | 7.0% | A172P (GCG→CCG) | hscA ← | iron‑sulfur cluster biosynthesis chaperone HscA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,658,422 | 0 | C | G | 7.0% | 386.9 / 15.6 | 114 | A172P (GCG→CCG) | hscA | iron‑sulfur cluster biosynthesis chaperone HscA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (52/54); new base G (3/5); total (55/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GCGCAGAATGGAAATATCAAACGTCCCGCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATAGCCGCAGCGGTCGGTTCGTTAAGTAAGCGCAGGACGTGAAGGCCCGCCAGACGCGCCGCGTCTTTGGTGCCCTGACGCTGGGCATCGTCAAAGTACGCCGGAACGGTGATAACTACACCATCCAGCTCGCCTGCCAGGGCTTCAGTTGCCCGCGCCGCCAGTGCTTTGAGGATGTCCGCAGAAACGCGCACCGGGTTCAGCAGCC > NC_000913/2658279‑2658571 | gcgcAGAATGGAAATATCAAACGTCCCGCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATAGCCGCAGCGGTCGGTTCGTTAAGTAAGCGCAGGACGTGAAGGCCCGCCAGACGCGCCGCGTc < 1:919195/150‑1 (MQ=255) cAGAATGGAAATATCAAACGTCCCGCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATAGCCGCAGCGGTCGGTTCGTTAAGTAAGCGCAGGACGTGAAGGCCCGCCAGACGCGCCGCGTCttt > 1:819049/1‑150 (MQ=255) gAATGGAAATATCAAACGTCCCGCCACTGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATAGCCGCAGCGGTCGGTTCGTTAAGTAAGCGCAGGACGTGAAGGCCCGCCAGACGCGGCGCGTCtggcg < 1:30146/150‑5 (MQ=255) gAATGGAAATATCAAACGTCCCGCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATAGCCGCAGCGGTCGGTTCGTTAAGTAAGCGCAGGACGTGAAGGCCCGCCAGACGCGGCGCGTCtggcg < 1:475926/150‑5 (MQ=255) gAATGGAAATATCAAACGTCCCGCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATAGCCGCAGCGGTCGGTTCGTTAAGTAAGCGCAGGACGTGAAGGCCCGCCAGACGCGCCGCGTCTTTgg < 1:1351828/150‑1 (MQ=255) aaTGGAAATATCAAACGTCCCGCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATAGCCGCAGCGGTCGGTTCGTTAAGTAAGCGCAGGACGTGAAGGCCCGCCAGACGCGCCGCGTCTTTGGt > 2:914396/1‑150 (MQ=255) aTGGAAATATCAAACGTCCCGCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATAGCCGCAGCGGTCGGTTCGTTAAGTAAGCGCAGGACGTGAAGGCCCGCCAGACGCGGCGCGTCtggcggg < 1:1482279/150‑7 (MQ=255) tGGAAATATCAAACGTCCCGCCACCGAGGTCATAAACGGCGATCACGCCTTCCTGACCGGAATCCAGCCCGTAGGCGATAGCCGCAGCGGTCGGTTCGTTAAGTAAGCGCAGGACGTGAAGGCCCGCCAGACGCGGCGCGTCtggcgggc < 1:1075228/150‑8 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |