| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 394,633 | A→G | 5.0% | D43G (GAT→GGT) ‡ | iprA → | putative DNA‑binding transcriptional regulator IprA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 394,633 | 0 | A | G | 5.0% | 376.6 / 6.8 | 119 | D43G (GAT→GGT) ‡ | iprA | putative DNA‑binding transcriptional regulator IprA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (62/51); new base G (4/2); total (66/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.40e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TTACTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGTTATTTTAGAGGGAGTTATCTCTCTGCGTAGAGAAGAAAACGTACTTATCGGTATTACCCAGGCTCCTTATATTATGGGGCTGGCTGATGGTTTAATGAAAAACGATATACCATACAAATTAATATCAGAAGGAAATTGTA > NC_000913/394486‑394782 | ttACTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATa < 1:277902/150‑1 (MQ=255)ttACTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATa < 2:1553425/150‑1 (MQ=255) cTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACtt < 2:453235/150‑1 (MQ=255) gCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTc > 1:659897/1‑150 (MQ=255) gCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTc > 1:1663062/1‑150 (MQ=255) gCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTc < 1:1600504/150‑1 (MQ=255) acAAAGCAAGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACATCATCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTATCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACtttg > 2:772095/2‑149 (MQ=255) cAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCg > 2:763086/1‑150 (MQ=255) aCGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGTTAttt < 1:735224/150‑1 (MQ=255) cgcgCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAAGTATCTTCGTTAttga < 2:926444/150‑3 (MQ=255) cgcgCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAAGTATCTTCGTTAttga > 1:926444/1‑148 (MQ=255) gcgcAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCTATAAATGTTTGTCCAGATACGGTTCGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGTTATTTTa < 1:1540662/150‑1 (MQ=255) cAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGTTATTTTagag < 2:1484302/150‑1 (MQ=255) 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aCCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGTTATTTTAGAGGGAGTTATCTCTCTGCGTag < 1:223491/150‑1 (MQ=255) ctctTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGTTATTTTAGAGGGAGTTATCTCTCTGCGTagag < 1:655107/150‑1 (MQ=255) ctctTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGTTATTTTAGAGGGAGTTATCTCTCTGCGTagag < 2:1025235/150‑1 (MQ=255) ctctTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGTTATTTTAGAGGGAGTTATCTCTCTGCGTagag > 2:676995/1‑150 (MQ=255) tCAGGAATTTGTTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGTTATTTTAGAGGGAGTTATCTCTCTGCGTAGagaaga < 2:659897/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |