| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 394,636 | C→T | 5.0% | T44I (ACT→ATT) ‡ | iprA → | putative DNA‑binding transcriptional regulator IprA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 394,636 | 0 | C | T | 5.0% | 387.0 / 5.8 | 119 | T44I (ACT→ATT) ‡ | iprA | putative DNA‑binding transcriptional regulator IprA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (63/49); new base T (4/2); total (68/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
CTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGTTATTTTAGAGGGAGTTATCTCTCTGCGTAGAGAAGAAAACGTACTTATCGGTATTACCCAGGCTCCTTATATTATGGGGCTGGCTGATGGTTTAATGAAAAACGATATACCATACAAATTAATATCAGAAGGAAATTGTACGG > NC_000913/394489‑394785 | cTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACtt < 2:453235/150‑1 (MQ=255) gCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTc > 1:1663062/1‑150 (MQ=255) gCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTc < 1:1600504/150‑1 (MQ=255) 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cgcgCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAAGTATCTTCGTTAttga < 2:926444/150‑3 (MQ=255) gcgcAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCTATAAATGTTTGTCCAGATACGGTTCGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGTTATTTTa < 1:1540662/150‑1 (MQ=255) cAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGTTATTTTagag < 2:1484302/150‑1 (MQ=255) cAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAAGTATCTTCGTTAttgacatc < 1:741204/150‑7 (MQ=255) aaTGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGTTATTTTAGAggg < 2:174853/150‑1 (MQ=255) 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aaTAACGAAGATACTTTCGTTATTTTAGAGGGAGTTATCTCTCTGCGTAGAGAAGAAAACGTACTTATCGGTATTACCCAGGCTCCTTATATTATGGGGCTGGCTGATGGTTTAATGAAAAACGATATACCATACAAATTAATATCAGaa < 1:1227889/150‑1 (MQ=255) aaTAACGAAAGTATCTTCGTTATTTTAGAGGGAGTTATCTCTCTGCGTAGAGAAGAAAACGTACTTATCGGTATTACCCAGGCTCCTTATATTATGGGGCTGGCTGATGGTTTAATGAAAAACGATATACCATACAAATTAATATCAGaa > 2:1334855/1‑150 (MQ=255) aTAACGAAGATACTTTCGTTATTTTAGAGGGAGTTATCTCTCTGCGTAGAGAAGAAAACGTACTTATCGGTATTACCCAGGCTCCTTATATTATGGGGCTGGCTGATGGTTTAATGAAAAACGATATACCATACAAATTAATATCAGAAg > 2:731763/1‑150 (MQ=255) tAACGAAGATACTTTCGTTATTTTAGAGGGAGTTATCTCTCTGCGTAGAGAAGAAAACGTACTTATCGGTATTACCCAGGCTCCTTATATTATGGGGCTGGCTGATGGTTTAATGAAAAACGATATACCATACAAATTAATATCAGAAgg > 1:977263/1‑150 (MQ=255) aCGAAGATACTTTCGTTATTTTAGAGGGAGTTATCTCTCTGCGTAGAGAAGAAAACGTACTTATCGGTATTACCCAGGCTCCTTATATTATGGGGCTGGCTGATGGTTTAATGAAAAACGATATACCATACAAATTAATATCAGAAGGaa > 1:810323/1‑150 (MQ=255) 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cTTTCGTTATTTTAGAGGGAGTTATCTCTCTGCGTAGAGAAGAAAACGTACTTATCGGTATTACCCAGGCTCCTTATATTATGGGGCTGGCTGATGGTTTAATGAAAAACGATATACCATACAAATTAATATCAGAAGGAAATTGTACgg < 2:1529217/150‑1 (MQ=255) | CTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGTTATTTTAGAGGGAGTTATCTCTCTGCGTAGAGAAGAAAACGTACTTATCGGTATTACCCAGGCTCCTTATATTATGGGGCTGGCTGATGGTTTAATGAAAAACGATATACCATACAAATTAATATCAGAAGGAAATTGTACGG > NC_000913/394489‑394785 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |