| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,861,328 | C→T | 6.2% | intergenic (‑94/‑102) | ygbI ← / → ygbJ | putative DeoR‑type DNA‑binding transcriptional regulator YgbI/putative L‑threonate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,861,328 | 0 | C | T | 6.2% | 301.9 / 6.5 | 96 | intergenic (‑94/‑102) | ygbI/ygbJ | putative DeoR‑type DNA‑binding transcriptional regulator YgbI/putative L‑threonate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/47); new base T (2/4); total (45/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
ATGCCTTTTTCAGCTACCATCTCAAGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGAAAACGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCA > NC_000913/2861179‑2861477 | aTGCCTTTTTCAGCTACCATCTCAAGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAacac > 1:920182/1‑150 (MQ=255)aTGCCTTTTTCAGCTACCATCTCAAGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAacac < 1:819553/150‑1 (MQ=255)aTGCCTTTTTCAGCTACCATCTCAAGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAacac > 1:696351/1‑150 (MQ=255) 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cacaATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGAAAACGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCa > 1:1537666/1‑150 (MQ=255) | ATGCCTTTTTCAGCTACCATCTCAAGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGAAAACGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCA > NC_000913/2861179‑2861477 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |