| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,861,329 | A→T | 6.2% | intergenic (‑95/‑101) | ygbI ← / → ygbJ | putative DeoR‑type DNA‑binding transcriptional regulator YgbI/putative L‑threonate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,861,329 | 0 | A | T | 6.2% | 306.8 / 8.0 | 96 | intergenic (‑95/‑101) | ygbI/ygbJ | putative DeoR‑type DNA‑binding transcriptional regulator YgbI/putative L‑threonate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/47); new base T (2/4); total (45/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
TGCCTTTTTCAGCTACCATCTCAAGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGAAAACGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAA > NC_000913/2861180‑2861478 | tGCCTTTTTCAGCTACCATCTCAAGGATGATTTGGCGATGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAacaca > 2:789808/1‑150 (MQ=255) gCCTTTTTCAGCTACCATCTCAAGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAacacac > 1:1328648/1‑150 (MQ=255) cTTTTTCAGCTACCATCTCAAGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACaa < 1:512809/150‑1 (MQ=255) ttttCAGCTACCATCTCAAGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATg > 2:287627/1‑150 (MQ=255) cAGCTACCATCTCAAGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAATTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTaa < 1:1306701/150‑1 (MQ=255) aGCTACCATCTCAAGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAAt < 1:862697/150‑1 (MQ=255) cTACCATCTCAAGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTGACATAAAATAACACACAATGTTAAttt < 2:1276341/150‑1 (MQ=255) cTACCATCTCAAGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAAttt > 2:989489/1‑150 (MQ=255) ccATCTCAAGGATGATTTGGCGACGCTCTACGTGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTTCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGAGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTAtg < 1:866283/150‑1 (MQ=255) ctcAAGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGaa < 1:23266/150‑1 (MQ=255) tcAAGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAATTAACATTGTGTGTTATTTTATGTGaac < 1:865649/150‑2 (MQ=38) cAAGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATc < 1:70874/150‑1 (MQ=255) cAAGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACAAACGCTTAGTTCACATAAATTAACATTGTGTGTTATTTTATGTGaact < 2:127371/150‑3 (MQ=38) aaGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCa > 2:320876/1‑150 (MQ=255) aGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAg < 1:91412/150‑1 (MQ=255) ggATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAATTAACATTGTGTGTTATTTTATGTGaactaag < 1:1320996/150‑6 (MQ=38) tgatTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATNACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCa < 2:1089744/150‑1 (MQ=255) gatTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTAtgtg < 2:216420/139‑1 (MQ=255) gatTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTAtgtg > 1:216420/1‑139 (MQ=255) atTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAcc > 1:1566668/1‑150 (MQ=255) ggCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATAc > 2:1540131/1‑150 (MQ=255) ggCGACGCTATACGAATATCAACTTTTGCTACTTCCTTTGTCATGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATAc > 2:471382/1‑150 (MQ=255) cGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCg > 1:1518430/1‑150 (MQ=255) 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acaATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACAATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGAAAACGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCaa > 2:1342058/1‑150 (MQ=255) | TGCCTTTTTCAGCTACCATCTCAAGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGAAAACGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAA > NC_000913/2861180‑2861478 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |