| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,861,338 | A→T | 5.7% | intergenic (‑104/‑92) | ygbI ← / → ygbJ | putative DeoR‑type DNA‑binding transcriptional regulator YgbI/putative L‑threonate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,861,338 | 0 | A | T | 5.7% | 341.5 / 7.8 | 105 | intergenic (‑104/‑92) | ygbI/ygbJ | putative DeoR‑type DNA‑binding transcriptional regulator YgbI/putative L‑threonate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/51); new base T (2/4); total (50/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
CAGCTACCATCTCAAGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGAAAACGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGG > NC_000913/2861189‑2861487 | cAGCTACCATCTCAAGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAATTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTaa < 1:1306701/150‑1 (MQ=255) aGCTACCATCTCAAGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAAt < 1:862697/150‑1 (MQ=255) cTACCATCTCAAGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTGACATAAAATAACACACAATGTTAAttt < 2:1276341/150‑1 (MQ=255) cTACCATCTCAAGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAAttt > 2:989489/1‑150 (MQ=255) ccATCTCAAGGATGATTTGGCGACGCTCTACGTGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTTCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGAGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTAtg < 1:866283/150‑1 (MQ=255) ctcAAGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGaa < 1:23266/150‑1 (MQ=255) cAAGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATc < 1:70874/150‑1 (MQ=255) cAAGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACAAACGCTTAGTTCACATAAATTAACATTGTGTGTTATTTTATGTGaact < 2:127371/150‑3 (MQ=38) 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cacacaATGTTAATTTATGTGAATCAGATAACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATAAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGAAAACGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGt > 2:568994/1‑150 (MQ=255) acacaATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGAAAACGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTc < 1:430643/150‑1 (MQ=255) cacaATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGAAAACGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCa > 1:1537666/1‑150 (MQ=255) acaATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACAATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGAAAACGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCaa > 2:1342058/1‑150 (MQ=255) tGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGAAAACGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCaatggg < 1:1540131/150‑1 (MQ=255) 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aTTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGAAAACGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCaatgggaatgg < 1:155433/150‑1 (MQ=255) | CAGCTACCATCTCAAGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGAAAACGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGG > NC_000913/2861189‑2861487 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |