| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,181,600 | A→G | 5.6% | intergenic (+19/+19) | ygiC → / ← ygiD | putative enzyme with ATPase activity/4,5‑DOPA dioxygenase extradiol |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,181,600 | 0 | A | G | 5.6% | 275.8 / 5.0 | 89 | intergenic (+19/+19) | ygiC/ygiD | putative enzyme with ATPase activity/4,5‑DOPA dioxygenase extradiol |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/41); new base G (2/3); total (45/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.17e-01 | |||||||||||
TCGGCGACAGCTATATGCTGATTGGTAGCTGGCTGGTGAACGATCAACCCGCCGGAATTGGCATTCGTGAAGACCGTGCATTGATCACCCAGGATATGTCTCGGTTTTATCCACATATTTTTGTTGAATAAGCCACGATACCGGATGGCACTCGCCATCCGGTAATTGTTAGCCTATCTGCACCGACAGCATACTCAGGCTGCCCATTTCTATACCCTCAACCGGAATGGTAATTGGCTCCTGCCCATCCCACGCACCTAACACATACAACAACGGCAAATAATGCTCTGGCGTTGGG > NC_000913/3181451‑3181748 | tCGGCGACAGCTATATGCTGATTGGTAGCTGGCTGGTGAACGATCAACCCGCCGGAATTGGCATTCGTGAAGACCGTGCATTGATCACCCAGGATATGTCTCGGTTTTATCCACATATTTTTGTTGAATAAGCCACGATACCGGATGGCa < 2:65262/150‑1 (MQ=255) gCGACAGCTATATGCTGATTGGTAGCTGGCTGGTGAACGATCAACCCGCCGGAATTGGCATTCGTGAAGACCGTGCATTGATCACCCAGGATATGTCTCGGTTTTATCCACATATTTTTGTTGAATAAGCCACGATACCGGATGGCACTc < 1:842630/150‑1 (MQ=255) cGACAGCTATATGCTGATTGGTAGCTGGCTGGTGAACGATCAACCCGCCGGAATTGGCATTCGTGAAGACCGTGCATTGATCACCCAGGATATGTCTCGGTTTTATCCACATATTTTTGTTGAATAAGCCACGATACCGGATGGCACTCg < 2:1286525/150‑1 (MQ=255) gACAGCTATATGCTGATTGGTAGCTGGCTGGTGAACGATCAACCCGCCGGAATTGGCATTCGTGAAGACCGTGCATTGATCACCCAGGATATGTCTCGGTTTTATCCACATATTTTTGTTGAATAAGCCACGATACCGGATGGCACTCGc < 1:921686/150‑1 (MQ=255) gACAGCTATATGCTGATTGGTAGCTGGCGGGTGAACGATCAACCCGCCGGAATTGGCATTCGTGAAGACCGTGCATTGATCACCCAGGATATGTCTCGGTTTTATCCACATATTTTTGTTGAATAAGCCACGATACCGGATGGCACTCGc < 2:1293169/150‑1 (MQ=255) aCAGCTATATGCTGATTGGTAGCTGGCTGGTGAACGATCAACCCGCCGGAATTGGCATTCGTGAAGACCGTGCATTGATCACCCAGGATATGTCTCGGTTTTATCCACATATTTTTGTTGAATAAGCCACGATACCGGATGGCACTCGcc < 2:1514624/150‑1 (MQ=255) cAGCTATATGCTGATTGGTAGCTGGCTGGTGAACGATCAACCCGCCGGAATTGGCATTCGTGAAGACCGTGCATTGATCACCCAGGATATGTCTCGGTTTTATCCACATATTTTTGTTGAATAAGCCACGATACCGGATGGCACTCGCCa > 2:163806/1‑150 (MQ=255) gCTATATGCTGATTGGTAGCTGGCTGGTGAACGATCAACCCGCCGGAATTGGCATTCGTGAAGACCGTGCATTGATCACCCAGGATATGTCTCGGTTTTATCCACATATTTTTGTTGAATAAGCCACGATACCGGATGGCACTCGCCATc > 1:904278/1‑150 (MQ=255) cTATATGCTGATTGGTAGCTGGCTGGTGAACGATCAACCCGCCGGAATTGGCATTCGTGAAGACCGTGCATTGATCACCCAGGATATGTCTCGGTTTTATCCACATATTTTTGTTGAATAAGCCACGATACCGGATGGCACTCGCCATcc < 1:1523351/150‑1 (MQ=255) atatGCTGATTGGTAGCTGGCTGGTGAACGATCAACCCGCCGGAATTGGCATTCGTGAAGACCGTGCATTGATCACCCAGGATATGTCTCGGTTTTATCCACATATTTTTGTTGAATAAGCCACGATACCGGATGGCGAGTGCCATCCgg < 1:124164/150‑1 (MQ=255) atGCTGATTGGTAGCTGGCTGGTGAACGATCAACCCGCCGGAATTGGCATTCGTGAAGACCGTGCATTGATCACCCAGGATATGTCTCGGTTTTATCCACATATTTTTGTTGAATAAGCCACGATACCGGATGGCACTCGCCATCCGGTa < 1:491956/150‑1 (MQ=255) tGCTGATTGGTAGCTGGCTGGTGAACGATCAACCCGCCGGAATTGGCATTCGTGAAGACCGTGCATTGATCACCCAGGATATGTCTCGGTTTTATCCACATATTTTTGTTGAATAAGCCACGATACCGGATGGCACTCGCCATCCGGTaa > 2:1005545/1‑150 (MQ=255) cTGATTGGTAGCTGGCTGGTGAACGATCAACCCGCCGGAATTGGCATTCGTGAAGACCGTGCATTGATCACCCAGGATATGTCTCGGTTTTATCCACATATTTTTGTTGAATAAGCCACGATACCGGATGGCACTCGCCATCCGGTAAtt < 1:593969/150‑1 (MQ=255) tGATTGGTAGCTGGCTGGTGAACGATCAACCCGCCGGAATTGGCATTCGTGAAGACCGTGCATTGATCACCCAGGATATGTCTCGGTTTTATCCACATATTTTTGTTGAATAAGCCACGATACCGGATGGCACTCGCCATCCGGTAATTg > 2:217809/1‑150 (MQ=255) gATTGGTAGCTGGCTGGTGAACGATCAACCCGCCGGAATTGGCATTCGTGAAGACCGTGCATTGATCACCCAGGATATGTCTCGGTTTTATCCACATATTTTTGTTGAATAAGCCACGATACCGGATGGCGAGTGCCATCCGGTatcgtg < 2:328731/150‑6 (MQ=255) gTAGCTGGCTGGTGAACGATCAACCCGCCGGAATTGGCATTCGTGAAGACCGTGCATTGATCACCCAGGATATGTCTCGGTTTTATCCACATATTTTTGTTGAATAAGCCACGATACCGGATGGCACTCGCCATCCGGTAATTGTTAGcc > 2:668939/1‑150 (MQ=255) tggctggTGAACGATCAACCCGCCGGAATTGGCATTCGTGAAGACCGTGCATTGATCACCCAGGATATGTCTCGGTTTTATCCACATATTTTTGTTGAATAAGCCACGATACCGGATGGCACTCGCCATCCGGTAATTGTTAGCCTATCt < 1:1598727/150‑1 (MQ=255) ggctggTGAACGATCAACCCGCCGGAATTGGCATTCGTGAAGACCGTGCATTGATCACCCAGGATATGTCTCGGTTTTATCCACATATTTTTGTTGAATAAGCCACGATACCGGATGGCACTCGCCATCCGGTAATTGTTAGCCt < 2:1319445/145‑1 (MQ=255) ggctggTGAACGATCAACCCGCCGGAATTGGCATTCGTGAAGACCGTGCATTGATCACCCAGGATATGTCTCGGTTTTATCCACATATTTTTGTTGAATAAGCCACGATACCGGATGGCACTCGCCATCCGGTAATTGTTAGCCt > 1:1319445/1‑145 (MQ=255) ctggTGAACGATCAACCCGCCGGAATTGGCATTCGTGAAGACCGTGCATTGATCACCCAGGATATGTCTCGGTTTTATCCACATATTTTTGTTGAATAAGCCACGATACCGGATGGCACTCGCCATCCGGTAATTGTTAGCCTATCTGCa > 2:930633/1‑150 (MQ=255) gAACGATCAACCCGCCGGAATTGGCATTCGTGAAGACCGTGCATTGATCACCCAGGATATGTCTCGGTTTTATCCACATATTTTTGTTGAATAAGCCACGATACCGGATGGCGAGTGCCATCCg > 2:732833/1‑124 (MQ=255) gAACGATCAACCCGCCGGAATTGGCATTCGTGAAGACCGTGCATTGATCACCCAGGATATGTCTCGGTTTTATCCACATATTTTTGTTGAATAAGCCACGATACCGGATGGCGAGTGCCATCCg < 1:732833/124‑1 (MQ=255) gAACGATCAACCCGCCGGAATTGGCATTCGTGAAGACCGTGCATTGATCACCCAGGATATGTCTCGGTTTTATCCACATATTTTTGTTGAATAAGCCACGATACCGGATGGCACTCGCCATCCGGTAATTGTTAGCCTATCTGCACCGAc > 1:1497999/1‑150 (MQ=255) aaCGATCAACCCGCCGGAATTGGCATTCGTGAAGACCGTGCATTGATCACCCAGGATATGTCTCGGTTTTATCCACATATTTTTGTTGAATAAGCCACGATACCGGATGGCACTCGCCATCCGGTAATTGTTAGCCTATCTGCACCGACa < 1:1012837/150‑1 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ggCACTCGCCATCCGGTAGTTGTTAGCCTATCTGCACCGACAGCATACTCAGGCTGCCCATTTCTATACCCTCAACCGGAATGGTAATTGGCTCCTGCCCATCCCACGCACCTAACACATACAACAACGGCAAATAATGCTCTGGCGTTg < 1:402099/150‑1 (MQ=255) ggCACTCGCCATCCGGTAATTGTTAGCCTATCTGCACCGACAGCATACTCAGGCTGCCCATTTCTATACCCTCAACCGGAATGGTAATTGGCTCCTGCCCATCCCACGCACCTAACACATACAACAACGGCAAATAATGCTCTGGCGTTg > 1:1031337/1‑150 (MQ=255) ggCACTCGCCATCCGGTAATTGTTAGCCTATCTGCACCGACAGCATACTCAGGCTGCCCATTTCTATACCCTCAACCGGAATGGTAATTGGCTCCTGCCCATCCCACGCACCTAACACATACAACAACGGCAAATAATGCTCTGGAGTTg < 1:163806/150‑1 (MQ=255) gCACTCGCCATCCGGTAATTGTTAGCCTATCTGCACCGACAGCATACTCAGGCTGCCCATTTCTATACCCTCAACCGGAATGGTAATTGGCTCCTGCCCATCCCACGCACCTAACACATACAACAACGGCAAATAATGCTCTGGCGTTgg > 1:51055/1‑150 (MQ=255) cACTCGCCATCCGGTAATTGTTAGCCTATCTGCACCGACAGCATACTCAGGCTGCCCATTTCTATACCCTCAACCGGAATGGTAATTGGCTCCTGCCCATCCCACGCACCTAACACATACAACAACGGCAAATAATGCTCTGGCGTTggg > 1:664249/1‑150 (MQ=255) | TCGGCGACAGCTATATGCTGATTGGTAGCTGGCTGGTGAACGATCAACCCGCCGGAATTGGCATTCGTGAAGACCGTGCATTGATCACCCAGGATATGTCTCGGTTTTATCCACATATTTTTGTTGAATAAGCCACGATACCGGATGGCACTCGCCATCCGGTAATTGTTAGCCTATCTGCACCGACAGCATACTCAGGCTGCCCATTTCTATACCCTCAACCGGAATGGTAATTGGCTCCTGCCCATCCCACGCACCTAACACATACAACAACGGCAAATAATGCTCTGGCGTTGGG > NC_000913/3181451‑3181748 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |