| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,202,003 | G→C | 7.2% | G38A (GGC→GCC) | cca → | fused tRNA nucleotidyltransferase/2',3'‑cyclic phosphodiesterase/2' nucleotidase and phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,202,003 | 0 | G | C | 7.2% | 327.7 / 12.9 | 97 | G38A (GGC→GCC) | cca | fused tRNA nucleotidyltransferase/2',3'‑cyclic phosphodiesterase/2' nucleotidase and phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/40); new base C (3/4); total (53/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.95e-01 | |||||||||||
ATTAGGAATTGTGTATTTGACGAAGGGATGATGGCGTGAAGATTTATCTGGTCGGTGGTGCTGTTCGGGATGCATTGTTAGGGCTACCGGTCAAAGACAGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTACGCCACAGGAGATGCTCGACGCGGGCTACCAGCAGGTAGGCCGCGATTTTCCTGTGTTTCTGCATCCGCAAACGCATGAAGAGTATGCGCTGGCACGTACCGAACGGAAATCCGGTTCCGGTTACACCGGTTTTACTTGCTATGCCGCACCGGATGTCACGCTGGAAGATG > NC_000913/3201856‑3202149 | attaGGAATTGTGTATTTGACGAAGGGATGATGGCGTGAAGATTTATCTGGTCGGTGGTGCTGTTCGGGATGCATTGTTAGGGCTACCGGTCAAAGACAGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTACGCCACAGGAGATGCTCGACGCGGGCt > 1:581593/1‑150 (MQ=255)attaGGAATTGTGTATTTGACGAAGGGATGATGGCGTGAAGATTTATCTGGTCGGTGGTGCTGTTCGGGATGCATTGTTAGGGCTACCGGTCAAAGACAGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTACGCCACAGGAGATGCTCGACGCGGGCt > 2:1327209/1‑150 (MQ=255) ttaGGAATTGTGTATTTGACGAAGGGATGATGGCGTGAAGATTTATCTGGTCGGTGGTGCTGTTCGGGATGCATTGTTAGGGCTACCGGTCAAAGACAGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTACGCCACAGGAGATGCTCGACGCGGGCTa > 2:1544449/1‑150 (MQ=255) 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1:1234036/7‑128 (MQ=39) cGACGCGGGCTACCAGCAGGTAGGCCGCGATTTTCCTGTGTTTCTGCATCCGCAAACGCATGAAGAGTATGCGCTGGCACGTACCGAACGGAAATCCGGTTCCGGTTACACCGGTTTTACTTGCTATGCCGCACCGGATGTCACGCTg > 2:391351/1‑148 (MQ=255) cGACGCGGGCTACCAGCAGGTAGGCCGCGATTTTCCTGTGTTTCTGCATCCGCAAACGCATGAAGAGTATGCGCTGGCACGTACCGAACGGAAATCCGGTTCCGGTTACACCGGTTTTACTTGCTATGCCGCACCGGATGTCACGCTg < 1:391351/148‑1 (MQ=255) aCGCGGGCTACCAGCAGGTAGGCCGCGATTTTCCTGTGTTTCTGCATCCGCAAACGCATGAAGAGTATGCGCTGGCACGTACCGAACGGAAATCCGGTTCCGGTTACACCGGTTTTACTTGCTATGCCGCACCGGATGTCACGCTGGAAg < 2:358610/150‑1 (MQ=255) aCGCGGGCTACCAGCAGGTAGGCCGCGATTTTCCTGTGTTTCTGCATCCGCAAACGCATGAAGAGTATGCGCTGGCACGTACCGAACGGAAATCCGGTTCCGGTTACACCGGTTTTACTTGCTATGCCGCACCGGATGTCACGCTGGAAg < 1:149078/150‑1 (MQ=255) cgcgGGCTACCAGCAGGTAGGCCGCGATTTTCCTGTGTTTCTGCATCCGCAAACGCATGAAGAGTATGCGCTGGCACGTACCGAACGGAAATCCGGTTCCGGTTACACCGGTTTTACTTGCTATGCCGCACCGGATGTCACGCTGGAAga > 2:452796/1‑150 (MQ=255) cgcgGCCTACCTGCTGGTAGCCCGCGATTTTCCTGTGTTTCTGCATCCGCAAACGCATGAAGAGTATGCGCTGGCACGTACCGAACGGAAATCCGGTTCCGGTTACACCGGTTTTACTTGCTATGCCGCACCGGATGTCACGCTGGAAga > 1:813344/1‑150 (MQ=255) cgGGCTACCAGCAGGTAGGCCGCGATTTTCCTGTGTTTCTGCATCCGCAAACGCATGAAGAGTATGCGCTGGCACGTACCGAACGGAAATCCGGTTCCGGTTACACCGGTTTTACTTGCTATGCCGCACCGGATGTCACGCTGGAAgatg > 1:1108815/1‑150 (MQ=255) | ATTAGGAATTGTGTATTTGACGAAGGGATGATGGCGTGAAGATTTATCTGGTCGGTGGTGCTGTTCGGGATGCATTGTTAGGGCTACCGGTCAAAGACAGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTACGCCACAGGAGATGCTCGACGCGGGCTACCAGCAGGTAGGCCGCGATTTTCCTGTGTTTCTGCATCCGCAAACGCATGAAGAGTATGCGCTGGCACGTACCGAACGGAAATCCGGTTCCGGTTACACCGGTTTTACTTGCTATGCCGCACCGGATGTCACGCTGGAAGATG > NC_000913/3201856‑3202149 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |