| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,202,009 | A→T | 7.9% | Q40L (CAG→CTG) | cca → | fused tRNA nucleotidyltransferase/2',3'‑cyclic phosphodiesterase/2' nucleotidase and phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,202,009 | 0 | A | T | 7.9% | 270.9 / 10.9 | 88 | Q40L (CAG→CTG) | cca | fused tRNA nucleotidyltransferase/2',3'‑cyclic phosphodiesterase/2' nucleotidase and phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/39); new base T (3/4); total (45/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.22e-01 | |||||||||||
AATTGTGTATTTGACGAAGGGATGATGGCGTGAAGATTTATCTGGTCGGTGGTGCTGTTCGGGATGCATTGTTAGGGCTACCGGTCAAAGACAGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTACGCCACAGGAGATGCTCGACGCGGGCTACCAGCAGGTAGGCCGCGATTTTCCTGTGTTTCTGCATCCGCAAACGCATGAAGAGTATGCGCTGGCACGTACCGAACGGAAATCCGGTTCCGGTTACACCGGTTTTACTTGCTATGCCGCACCGGATGTCACGCTGGAAGATGATCTTAAGC > NC_000913/3201862‑3202158 | aaTTGTGTATTTGACGAAGGGATGATGGCGTGAAGATTTATCTGGTCGGTGGTGCTGTTCGGGATGCATTGTTAGGGCTACCGGTCAAAGACAGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTACGCCACAGGAGATGCTCGACGCGGGCTACcagc < 2:1205948/150‑1 (MQ=255) aTTGTGTATTTGACGAAGGGATGATGGCGTGAAGATTTATCTGGTCGGTGGTGCTGTTCGGGATGCATTGTTAGGGCTACCGGTCAAAGACAGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTACGCCACAGGAGATGCTCGACGCGGGCTACcagca < 1:301239/150‑1 (MQ=255) gtgtATTTGACGAAGGGATGATGGCGTGAAGATTTATCTGGTCGGTGGTGCTGTTCGGGATGCATTGTTAGGGCTACCGGTCAAAGACAGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTACGCCACAGGAGATGCTCGACGCGGGCTACCAGCAGGt > 1:104063/1‑150 (MQ=255) 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agcagGTAGGCCGCGATTTTCCTGTGTTTCTGCATCCGCAAACGCATGAAGAGTATGCGCTGGCACGTACCGAACGGAAATCCGGTTCCGGTTACACCGGTTTTACTTGCTATGCCGCACCGGATGTCACGCTGGAAGATGATCTTAAGc > 2:1421599/1‑150 (MQ=255) | AATTGTGTATTTGACGAAGGGATGATGGCGTGAAGATTTATCTGGTCGGTGGTGCTGTTCGGGATGCATTGTTAGGGCTACCGGTCAAAGACAGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTACGCCACAGGAGATGCTCGACGCGGGCTACCAGCAGGTAGGCCGCGATTTTCCTGTGTTTCTGCATCCGCAAACGCATGAAGAGTATGCGCTGGCACGTACCGAACGGAAATCCGGTTCCGGTTACACCGGTTTTACTTGCTATGCCGCACCGGATGTCACGCTGGAAGATGATCTTAAGC > NC_000913/3201862‑3202158 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |