| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,313,207 | 0 | G | A | 7.3% | 340.3 / 11.1 | 109 | intergenic (‑29/+135) | rbfA/infB | 30S ribosome binding factor/translation initiation factor IF‑2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/55); new base A (5/3); total (51/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
CCGGAAACGGTGGTCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGCAATGGTA > NC_000913/3313060‑3313354 | ccGGAAACGGTGGTCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGtt > 1:260940/1‑150 (MQ=255)ccGGAAACGGTGGTCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGtt < 2:1369432/150‑1 (MQ=255) cGGAAACGGTGGTCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTa < 2:353662/150‑1 (MQ=255) 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atcatGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTaaaa < 2:234638/150‑1 (MQ=255) tcatGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAaat < 2:297679/150‑1 (MQ=255) catGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTAACAGCCCCttttttgtcag < 1:133820/150‑7 (MQ=255) atGCCCAGGCGAGTATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCGCTTTTTAAaatta < 2:942659/150‑1 (MQ=255) tGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCGTAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAaattaa > 1:1224039/1‑150 (MQ=255) gCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAaattaat > 2:1080601/1‑150 (MQ=255) cccAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAaattaatt < 1:867278/150‑1 (MQ=255) ccAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAAttt > 1:450409/1‑150 (MQ=255) gCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAgg < 2:1285373/150‑1 (MQ=255) cGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGt < 1:1193572/150‑1 (MQ=255) 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ggATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGACTGTTCACGTTGACCTGa > 1:1625333/1‑150 (MQ=255) aTGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATa < 1:296003/150‑1 (MQ=255) tGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTg < 2:1043029/132‑1 (MQ=255) tGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTg > 1:1043029/1‑132 (MQ=255) cagCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCGGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGAc < 1:234839/149‑1 (MQ=255) 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aaTTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCGGGATAAGGCGTTTACGCTGCATCCGGCATGGattg < 1:1537984/150‑4 (MQ=37) ttCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCGGGATAAGGCGTTTACGCTGCATCCGGCATGGattgcc < 1:1320970/150‑6 (MQ=37) ttCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCt < 2:1256285/150‑1 (MQ=255) ttCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCt < 2:1224039/150‑1 (MQ=255) ccTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTaaaa > 1:324859/1‑150 (MQ=255) attttaaaaaGGGGCTAACAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCCCGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTaaaacc > 1:415898/6‑148 (MQ=38) attttaaaaaGGGGCTAACAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAAc > 2:1061920/6‑150 (MQ=255) gACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACCCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAAcc > 2:328519/1‑150 (MQ=255) aCAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCt < 1:212484/150‑1 (MQ=255) taaaaaGGGGCTAACAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTa > 2:1016151/2‑150 (MQ=255) aaaaaGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTaa > 2:1025596/1‑150 (MQ=255) aaaaaGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTaa > 1:233971/1‑150 (MQ=255) aaaaGGGGCTAACAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAg > 1:405942/1‑150 (MQ=255) ggCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGCAATgg > 1:70385/1‑150 (MQ=255) cTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGCAATGGTa < 2:855848/150‑1 (MQ=255) | CCGGAAACGGTGGTCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGCAATGGTA > NC_000913/3313060‑3313354 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |