| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,679,430 | Δ1 bp | 10.3% | intergenic (‑63/+34) | yphF ← / ← yphG | putative ABC transporter periplasmic binding protein YphF/DUF5107 domain‑containing protein YphG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,679,430 | 0 | G | . | 10.3% | 278.5 / 25.4 | 87 | intergenic (‑63/+34) | yphF/yphG | putative ABC transporter periplasmic binding protein YphF/DUF5107 domain‑containing protein YphG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (40/38); new base . (4/5); total (44/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTTTCCGCAGCCCTGGCAAATAGTGCGCTACCTAATAGCGTAGCCATTAATAATAGATTACGGGTTGTTCTCATTTTTGTAGGCATAGAGCCTCCTGTAGGGTTTTTATTAACAACGGCTTATTCTAATTATTTTGTGATGAGCGGCAGCGCG‑TGCCGCTCAAATATTACAGTTAATAGGGTTTAGTGAACGCGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTAATCGCCGTCAATTCAGCGCGAGCAGACTCATATTGCGCAACC > NC_000913/2679281‑2679575 | tttttCCGCAGCCCTGGCAAATAGTGCGCTACCTAATAGCGTAGCCATTAATAATAGATTACGGGTTGTTCTCATTTTTGTAGGCATAGAGCCTCCTGTAGGGTTTTTATTAACAACGGCTTATTCTAATTATTTTGTGATGAGCGGCAg < 1:583364/150‑1 (MQ=255) tCCGCAGCCCTGGCAAATAGTGCGCTACCTAATAGCGTAGCCATTAATAATAGATTACGGGTTGTTCTCATTTTTGTAGGCATAGAGCCTCCTGTAGGGTTTTTATTAACAACGGCTTATTCTAATTATTTTGTGATGAGCGGCAGcgcg < 1:1068570/150‑1 (MQ=255) tCCGCAGCCCTGGCAAATAGTGCGCTACCTAATAGCGTAGCCATTAATAATAGATTACGGGTTGTTCTCATTTTTGTAGGCATAGAGCCTCCTGTAGGGTTTTTATTAACAACGGCTTATTCTAATTATTTTGTGATGAGCGGCAGcgcg < 1:1729483/150‑1 (MQ=255) 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2:1721135/1‑150 (MQ=255) gCGGCAGCGCG‑TGCCGCTCAAATATTACAGTTAATAGGGTTTAGTGAACGCGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTAATCGCCGTCAATTCAGCGCGAGCAGACTCATATTGCGCaa > 2:376378/1‑150 (MQ=255) ggCAGCGCG‑TGCCGCTCAAATATTACAGTTAATAGGGTTTAGTGAACGCGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTAATCGCCGTCAATTCAGCGCGAGCAGACTCATATTGCGCAAcc > 2:1953553/1‑150 (MQ=255) | TTTTTCCGCAGCCCTGGCAAATAGTGCGCTACCTAATAGCGTAGCCATTAATAATAGATTACGGGTTGTTCTCATTTTTGTAGGCATAGAGCCTCCTGTAGGGTTTTTATTAACAACGGCTTATTCTAATTATTTTGTGATGAGCGGCAGCGCG‑TGCCGCTCAAATATTACAGTTAATAGGGTTTAGTGAACGCGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTAATCGCCGTCAATTCAGCGCGAGCAGACTCATATTGCGCAACC > NC_000913/2679281‑2679575 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |