New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 4093097 | 244 (2.160) | 20 (0.180) | 13/262 | NT | 7.8% | intergenic (‑274/+27) | frvA/rhaM | putative PTS enzyme IIA component FrvA/L‑rhamnose mutarotase |
? | NC_000913 | = 4093109 | 242 (2.240) | intergenic (‑286/+15) | frvA/rhaM | putative PTS enzyme IIA component FrvA/L‑rhamnose mutarotase |
AGTAATGCACATAATGGTTATTTAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTGCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/4092943‑4093097 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgtgccAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGATTTGAAAAATTAAACATATTACATCTCCCGGTAAGTTATATTTCCCTGATACATTGTGAGTAAATCACAAAAATAATGAATAACCCATTAATGATTCATGTGGTTTATTTAAATA < NC_000913/4093109‑4092961 AGTAATGCACATAATGGTTATTTAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATT < 2:1126176/150‑1 AGTAATGCACATAATGGTTATTTAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATT < 1:224197/150‑1 tTAATGCACATAATGGTTATTTAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTG < 1:1050057/149‑1 GTAATGCACATAATGGTTATTTAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTG < 2:363210/150‑1 GTAATGCACATAATGGTTATTTAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTG > 1:707091/1‑150 AATGCACATAATGGTTATTTAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAAGTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTt > 1:1768219/1‑149 AATGCACATAATGGTTATTTAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTG < 2:426262/150‑1 AATGCACATAATGGTTATTTAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTG < 2:364700/150‑1 AATGCACATAATGGTTATTTAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTG < 2:647244/150‑1 ATGCACATAATGGTTATTTAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTATTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTGC < 2:1027469/150‑1 TGCACATAATGGTTATTTAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTGCC < 2:503964/150‑1 TGCACATAATGGTTATTTAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTGCC < 1:479830/150‑1 TAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTGCCAGAGATGCCTCCGGCAC < 1:837449/150‑1 TAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTGCCAGAGATGCCTCCGGCAC < 2:580001/150‑1 TAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTGCCAGAGATGCCTCCGGCAC < 2:289780/150‑1 TAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTGCCAGAGATGCCTCCGGCAC < 1:1193806/150‑1 AAATAAACCACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTGCCAGAGATGCCTCCGGCACA < 2:475454/150‑1 AATAAACCACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTGCCAGAGATGCCTCCGGCACAA < 1:1942188/150‑1 ATAAACCACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTGCCAGAGATGCCTCCGGCACAAT < 1:682004/150‑1 AAACCACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTGCCAGAGATGCCTCCGGCACAATAT < 1:27878/150‑1 CCACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTGCCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTT < 1:248540/150‑1 CACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTGCCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTA < 2:640902/150‑1 CACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTGCCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTA < 2:1065764/150‑1 CACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTGCCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTA < 1:106055/150‑1 CACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTGCCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTA < 1:113310/150‑1 ACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTGCCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAA < 2:10897/150‑1 ATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTGCCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAAT < 1:1939430/150‑1 TTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTGCCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGATTT < 1:1217602/150‑1 TTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTGCCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGATTT < 1:1210205/150‑1 TTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTGCCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGAT < 1:1398633/137‑1 TTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTGCCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGAT > 2:1398633/1‑137 gtGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTGCCAGATATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGATTTGAAAAATTAAACATATTACATCTCCCGGTAAGTTATATTTCCCTGATACATTGTGAGTAAAT < 2:1389464/148‑1 TGTGCCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGATTTGAAAAATTAAACATATTACATCTCCCGGTAAGTTATATTTCCCTGATACATTGTGAGTAAATCACAAAAATAATGAATAACCCATTAATGATTCATGTGGTTTATTT > 2:1381439/1‑150 TGTGCCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGATTTGAAAAATTAAACATATTACATCTCCCGGTAAGTTATATTTCCCTGATACATTGTGAGTAAATCACAAAAATAATGAATAACCCATTAATGATTCATGTGGTTTATTT < 2:412155/150‑1 GTGCCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGATTTGAAAAATTAAACATATTACATCTCCCGGTAAGTTATATTTCCCTGATACATTGTGAGTAAATCACAAAAATAATGAATAACCCATTAATGATTCATGTGGTTTATTTA < 2:57058/150‑1 GTGCCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGATTTGAAAAATTAAACATATTACATCTCCCGGTAAGTTATATTTCCCTGATACATTGTGAGTAAATCACAAAAATAATGAATAACCCATTAATGATTCATGTGGTTTATTTA < 2:1231813/150‑1 GTGCCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGATTTGAAAAATTAAACATATTACATCTCCCGGTAAGTTATATTTCCCTGATACATTGTGAGTAAATCACAAAAATAATGAATAACCCATTAATGATTCATGTGGTTTATTTA < 2:1280938/150‑1 GTGCCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGATTTGAAAAATTAAACATATTACATCTCCCGGTAAGTTATATTTCCCTGATACATTGTGAGTAAATCACAAAAATAATGAATAACCCATTAATGATTCATGTGGTTTATTTA < 1:372239/150‑1 GTGCCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGATTTGAAAAATTAAACATATTACATCTCCCGGTAAGTTATATTTCCCTGATACATTGTGAGTAAATCACAAAAATAATGAATAACCCATTAATGATTCATGTGGTTTATTTA < 2:336339/150‑1 TGCCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGATTTGAAAAATTAAACATATTACATCTCCCGGTAAGTTATATTTCCCTGATACATTGTGAGTAAATCACAAAAATAATGAATAACCCATTAATGATTCATGTGGTTTATTTAA < 1:674275/150‑1 TGCCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGATTTGAAAAATTAAACATATTACATCTCCCGGTAAGTTATATTTCCCTGATACATTGTGAGTAAATCACAAAAATAATGAATAACCCATTAATGATTCATGTGGTTTATTTAA < 1:1088111/150‑1 gaCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTTAATTTCCATTTGAAAAATTAAACATATTACATCTCCCGGTAAGTTATATTTAGCTGATACATTGTGAGTAAAACACAAAAATAATGAATAACCCACTATTGATACATGTGGTTTATTTAAA > 2:73927/3‑150 GCCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGATTTGAAAAATTAAACATATTACATCTCCCGGTAAGTTATATTTCCCTGATACATTGTGAGTAAATCACAAAAATAATGAATAACCCATTAATGATTCATGTGGTTTATTTAAA > 1:82091/1‑150 GCCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGATTTGAAAAATTAAACATATTACATCTCCCGGTAAGTTATATTTCCCTGATACATTGTGAGTAAATCACAAAAATAATGAATAACCCATTAATGATTCATGTGGTTTATTTAAA > 2:707676/1‑150 GCCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGATTTGAAAAATTAAACATATTACATCTCCCGGTAAGTTATATTTCCCTGATACATTGTGAGTAAATCACAAAAATAATGAATAACCCATTAATGATTCATGTGGTTTATTTAAA > 2:1363201/1‑150 GCCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGATTTGAAAAATTAAACATATTACATCTCCCGGTAAGTTATATTTCCCTGATACATTGTGAGTAAATCACAAAAATAATGAATAACCCATTAATGATTCATGTGGTTTATTTAAA > 2:816503/1‑150 GCCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGATTTGAAAAATTAAACATATTACATCTCCCGGTAAGTTATATTTCCCTGATACATTGTGAGTAAATCACAAAAATAATGAATAACCCATTAATGATTCATGTGGTTTATTTAAA > 2:579942/1‑150 GCCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGATTTGAAAAATTAAACATATTACATCTCCCGGTAAGTTATATTTCCCTGATACATTGTGAGTAAATCACAAAAATAATGAATAACCCATTAATGATTCATGTGGTT > 1:1971913/1‑142 GCCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGATTTGAAAAATTAAACATATTACATCTCCCGGTAAGTTATATTTCCCTGATACATTGTGAGTAAATCACAAAAATAATGAATAACCCATTAATGATTCATGTGGTT < 2:1971913/142‑1 GCCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGATTTGAAAAATTAAACATATTACATCTCCCGGTAAGTTATATTTCCCTGATACAATGTGAGTAAATCACAAAAATAATGAATAACCCATTAATGATTCATGTGGTTTATTTAAA > 1:155366/1‑150 CCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGATTTGAAAAATTAAACATATTACATCTCCCGGTAAGTTATATTTCCCTGATACATTGTGAGTAAATCACAAAAATAATGAATAACCCATTAATGATTCATGTGGTTTATTTAAAT > 2:163739/1‑150 CCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGATTTGAAAAATTAAACATATTACATCTCCCGGTAAGTTATATTTCCCTGATACATTGTGAGTAAATCACAAAAATAATGAATAACCCATTAATGATCCATGTGGTTTATTTAAAT < 2:896574/150‑1 CAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGATTTGAAAAATTAAACATATTACATCTCCCGGTAAGTTATATTTCCCTGATACATTGTGAGTAAATCACAAAAATAATGAATAACCCATTAATGATTCATGTGGTTTATTTAAATA > 2:463065/1‑150 CAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGATTTGAAAAATTAAACATATTACATCTCCCGGTAAGTTATATTTCCCTGATACATTGTGAGTAAATCACAAAAATAATGAATAACCCATTAATGATTCATGTGGTTTATTTAAATA > 2:338745/1‑150 CAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGATTTGAAAAATTAAACATATTACATCTCCCGGTAAGTTATATTTCCCTGATACATTGTGAGTAAATCACAAAAATAATGAATAACCCATTAATGATTCATGTGGTTTATTTAAATA < 1:619610/150‑1 AGTAATGCACATAATGGTTATTTAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTGCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/4092943‑4093097 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgtgccAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGATTTGAAAAATTAAACATATTACATCTCCCGGTAAGTTATATTTCCCTGATACATTGTGAGTAAATCACAAAAATAATGAATAACCCATTAATGATTCATGTGGTTTATTTAAATA < NC_000913/4093109‑4092961 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |