| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 548138 = | 54 (0.480) | 6 (0.060) | 6/262 | NT | 10.6% | coding (1459/1668 nt) | fdrA | putative acyl‑CoA synthetase FdrA |
| ? | NC_000913 | 548186 = | 50 (0.460) | coding (1507/1668 nt) | fdrA | putative acyl‑CoA synthetase FdrA | |||||
GCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCGTCATTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTGGAGCTACAAAGCGCCAGCAAACCGGTTGTGCATTACCAA > NC_000913/547991‑548287 | taataaacgagccagttttttattgccaccggcgactggcgaccattggtaatgcacaaccggtttgctggcgctttgtagctccagcgcaaagctgcgtaatccgatgttaatcacggcgacgttttccagtaatgacggtgtgtgTTg < 1:1193962‑M1/3‑1 (MQ=255) ccTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGc < 1:540707/150‑1 (MQ=255) aataaacgagccagttttttattgccaccggcgactggcgaccattggtaatgcacaaccggtttgctggcgctttgtagctccagcgcaaagctgcgtaatccgatgttaatcacggcgacgttttccagtaatgacggtgtgtgTTGc < 2:234992‑M1/4‑1 (MQ=255) aataaacgagccagttttttattgccaccggcgactggcgaccattggtaatgcacaaccggtttgctggcgctttgtagctccagcgcaaagctgcgtaatccgatgttaatcacggcgacgttttccagtaatgacggtgtgtgTTGc < 1:1368445‑M1/4‑1 (MQ=255) cTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCt < 2:1672675/150‑1 (MQ=255) tgtgCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTg > 1:264301/1‑150 (MQ=255) cgcgcgTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTg‑gcggc > 1:1157509/1‑150 (MQ=255) cgcgTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAg > 2:1202053/1‑150 (MQ=255) cgcgTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAg > 2:794708/1‑150 (MQ=255) tttAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGtt > 2:1491590/1‑150 (MQ=255) tttAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGtt < 2:1503821/150‑1 (MQ=255) ttttttattgccaccagcgactggcgaccattggtaatgcacaaccggtttgctggcgctttgtagctccagcgcaaagctgcgtaatccgatgttaatcacggcgacgttttccagtaatgacggtgtgtgTTGCTG‑GCGGCAGCGTTa < 1:1259563‑M1/18‑1 (MQ=255) aGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAAt > 2:1449232/1‑150 (MQ=255) aGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAAt > 2:151730/1‑150 (MQ=255) taTAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTGGCAGAAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGTGGATTGCGGTAGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAAtt < 2:244025/149‑1 (MQ=255) tAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCa > 2:55216/1‑150 (MQ=255) aTCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATc > 1:544614/1‑150 (MQ=255) aTCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATc < 2:1859825/150‑1 (MQ=255) aaCCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGc < 1:1202053/150‑1 (MQ=255) gTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGcc < 1:1877756/150‑1 (MQ=255) gTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGcc < 2:40041/150‑1 (MQ=255) gTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGcc < 1:923010/150‑1 (MQ=255) tATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCt > 2:1815883/1‑150 (MQ=255) cgaccattggtaatgcacaaccggtttgctggcgctttgtagctccagcgcaaagctgcgtaatccgatgttaatcacggcgacgttttccagtaatgacggtgtgtgTTGCTGTGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGc > 2:144772‑M1/109‑150 (MQ=255) aTTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGca < 1:482485/150‑1 (MQ=255) cattggtaatgcacaaccggtttgctggcgctttgtagctccagcgcaaagctgcgtaatccgatgttaatcacggcgacgttttccagtaatgacggtgtgtgTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGc > 1:1343798‑M1/105‑150 (MQ=255) cACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCa > 1:961435/1‑150 (MQ=255) attggtaatgcacaaccggtttgctggcgctttgtagctccagcgcaaagctgcgtaatccgatgttaatcacggcgacgttttccagtaatgacggtgtgtgTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCa > 2:1259563‑M1/104‑150 (MQ=255) ttggtaatgcacaaccggtttgctggcgctttgtagctccagcgcaaagctgcgtaatccgatgttaatcacggcgacgttttccagtaatgacggtgtgtgTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCaa > 1:1727606‑M1/103‑150 (MQ=255) ggtaatgcacaaccggtttgctggcgctttgtagctccagcgcaaagctgcgtaatccgatgttaatcacggcgacgttttccagtaatgacggtgtgtgTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAaca > 2:1285307‑M1/101‑150 (MQ=255) ggTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAaca > 2:1908869/1‑150 (MQ=255) tGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAacaca < 2:1598228/150‑1 (MQ=255) cAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAacacacac > 1:1306924/1‑150 (MQ=255) aGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACAcc > 2:1786213/1‑150 (MQ=255) ggCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCg > 1:1444541/1‑150 (MQ=255) ggCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTACTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCg > 2:560916/1‑150 (MQ=255) gTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCGTCATTACTgg > 2:1301489/1‑150 (MQ=255) cAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCGTCATTACTGGAAAACGTc < 1:1301489/150‑1 (MQ=255) gCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCCTCATTACTGGAAAACGTCGACg > 2:1537974/1‑150 (MQ=255) cagcaAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCGTCATTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAAc < 2:264301/150‑1 (MQ=255) aaTCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCGTCATTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCgg > 1:368092/1‑150 (MQ=255) tCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTACTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCGTCATTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGAt < 1:560916/150‑1 (MQ=255) gCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCGTCATTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTa > 2:263064/1‑150 (MQ=255) 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cGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCGTCATTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTgg < 2:544614/150‑1 (MQ=255) cGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCGTCATTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTgg > 2:1391535/1‑150 (MQ=255) cGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCGTCATTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTgg < 1:298768/150‑1 (MQ=255) gggATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCGTCATTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTGGAg < 2:1157509/150‑1 (MQ=255) gggATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCGTCATTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTGGAg < 1:402401/150‑1 (MQ=255) gCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCGTCATTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTGGAGCTACaa > 2:1923451/1‑150 (MQ=255) ggTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCGTCATTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTGGAGCTACAAAg < 2:3421/150‑1 (MQ=255) gTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCGTCATTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTGGAGCTACAAAGCGcc < 1:280751/150‑1 (MQ=255) gTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCGTCATTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTGGAGCTACAAAGCGcc < 2:1306924/150‑1 (MQ=255) aCCTGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCTCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCGTCATTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACTCAGCTTTGCGCTGGAGCTACAAAGCGCCAGCAAACCGGt < 1:424263/150‑1 (MQ=255) 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ccTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCGTCATTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTGGAGCTACAAAGCGCCAGCAAACCGGTTGTGCATTAcc < 2:104903/150‑1 (MQ=255) TTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCGTCATTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTGGAGCTACAAAGCGCCAGCAAACCGGTTGTGCATTACCaa < 2:1735508‑M1/150‑1 (MQ=255) | GCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCGTCATTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTGGAGCTACAAAGCGCCAGCAAACCGGTTGTGCATTACCAA > NC_000913/547991‑548287 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |