| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | 3855100 = | 154 (1.440) | coding (1179/1185 nt) | emrD | multidrug efflux pump EmrD | |||||
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
CCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTAAGAATAAAACGC > NC_000913/3854911‑3855209 | ccTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGtgctgtgctg < 1:1766366/150‑1 (MQ=255)caggagacgccagacagcgtgctttgtgcgggctatcaggcgttttattcttactccgcaccgcatatgcgggtgatgcgtgatctgataaagcagcatcgttctcccatggagctgatgacgatgctgcggtgacgtgcgcttaaacgg > 1:121332‑M1/150‑150 (MQ=255) ggagactcctgacagcgtgctttgtgctggctatcaggcgttttattcttactcctcaccgcatatgcgggtgatgcgtgatctgataaagcagcatcgttctcccatggagctgatgacgatgctgcggtgacgtgcgcttaaacgGGc > 2:624615‑M1/148‑150 (MQ=255) ggagacgccagacagcgtgctttgtgcgggctatcaggcgttttattcttactccgcaccgcatatgcgggtgatgcgtgatctgataaagcagcatcgttctcccatggagctgatgacgatgctgcggtgacgtgcgcttaaacgGGc > 2:258866‑M1/148‑150 (MQ=255) ggagacgccagacagcgtgctttgtgcgggctatcaggcgttttattcttactccgcaccgcatatgcgggtgatgcgtgatctgataaagcagcatcgttctcccatggagctgatgacgatgctgcggtgacgtgcgcttaaacgGGc > 1:1494943‑M1/148‑150 (MQ=255) ggagacgccagacagcgtgctttgtgcgggctatcaggcgttttattcttactccgcaccgcatatgcgggtgatgcgtgatctgataaagcagcatcgttctcccatggagctgatgacgatgctgcggtgacgtgcgcttaaacgGGc < 2:114730‑M1/3‑1 (MQ=255) gagacgccagacagcgtgctttgtgcgggctatcaggcgttttattcttactccgcaccgcatatgcgggtgatgcgtgatctgataaagcagcatcgttctcccatggagctgatgacgatgctgcggtgacgtgcgcttaaacgGGCt < 2:908185‑M1/4‑1 (MQ=255) gCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTgctggctg < 2:600721/150‑1 (MQ=255) aggggAACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTgctggctg > 1:1009076/3‑150 (MQ=255) gacgccagacagcgtgctttgtgcgggctatcaggcgttttattcttactccgcaccgcatatgcgggtgatgcgtgatctgataaagcagcatcgttctcccatggagctgatgacgatgctgcggtgacgtgcgcttaaacgGGCTGc > 1:1070214‑M1/145‑150 (MQ=255) ggCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGc < 2:1919123/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCg < 2:1379507/150‑1 (MQ=255) gcgcTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCgg < 2:1426642/150‑1 (MQ=255) 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gATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCATCACCCGCATAtgcgg > 1:166195/1‑150 (MQ=255) tgttgATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCATCACCCGCATAtgcggtgc > 2:89810/1‑150 (MQ=255) gttgATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCATCACCCGCATAtgcggtgcg > 1:1638840/1‑150 (MQ=255) tgATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGa < 1:1426487/150‑1 (MQ=255) gATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAg < 1:1098343/150‑1 (MQ=255) gATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAg > 1:1051238/1‑150 (MQ=255) tCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTa < 1:15773/150‑1 (MQ=255) gtgctgtgctGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTAAg < 1:1157311/150‑1 (MQ=255) gtgctgtgctGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTAAg < 1:188404/150‑1 (MQ=255) gtgctgtgctGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTAAg < 1:1024270/150‑1 (MQ=255) tgtgctgGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCGTTATCAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTAAGAATa > 1:151711/1‑150 (MQ=255) tgctgGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATc > 2:1104005/1‑107 (MQ=255) tgctgGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATc < 1:1104005/107‑1 (MQ=255) tgctgGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTAAGAATaaa < 1:272684/150‑1 (MQ=255) GGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTAAGAATAAAACGc < 2:1647797‑M1/150‑1 (MQ=255) GGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTAAGAATAAAACGc < 2:98093‑M1/150‑1 (MQ=255) | CCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATCAGCTCCATGGGAGAACGATGCTGCTTTATCAGATCACGCATCACCCGCATATGCGGTGCGGAGTAAGAATAAAACGC > NC_000913/3854911‑3855209 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |