New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 4348937 = | 299 (2.640) | 15 (0.140) | 11/260 | NT | 5.3% | intergenic (‑193/+378) | dcuB/dcuR | anaerobic C4‑dicarboxylate transporter DcuB/DNA‑binding transcriptional activator DcuR |
? | NC_000913 | 4348956 = | 257 (2.400) | intergenic (‑212/+359) | dcuB/dcuR | anaerobic C4‑dicarboxylate transporter DcuB/DNA‑binding transcriptional activator DcuR |
Only 100 of 350 total aligned reads displayed.
TTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCTCACAGTGAATATTGGCTGATTAAAGCAGCGGCAAATTTATGCACTGTGATAAGCGGCTTTTTCAGAGAGAAAGACTCTCTGGCGATGGGTTTATAGTTTGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATACAC > NC_000913/4348807‑4349105 | ttGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCTCACAGTGAATATTGGCTGATTAAAGCAGCGGCAAATTTATGCACTGTGATAAGCGGCTTTTTCAGAGAGAAAGACTCTCTGGc < 1:179686/150‑1 (MQ=255) ggtagatcagattaatctataaacctaatgacatctgccctgagaacaaaaaatagaccgataaatatcaataagataacagcaaacaaaacattaacatctgcgcagtacaaactataaacccatcgcCAGAGAGAAAGACTCTCTGGc > 1:933298‑M1/130‑150 (MQ=255) tGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCTCACAGTGAATATTGGCTGATTAAAGCAGCGGCAAATTTATGCACTGTGATAAGCGGCTTTTTCAGAGAGAAAGACTCTCTGGCg > 2:716926/1‑150 (MQ=255) gtagatcagattaatctataaacctaatgacatctgccctgagaacaaaaaatagaccgataaatatcaataagataacagcaaacaaaacattaacatctgcgcagtacaaactataaacccatcgcCAGAGAGAAAGACTCTCTGGCg > 1:568382‑M1/129‑150 (MQ=255) cTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCTCACAGTGAATATTGGCTGATTAAAGCAGCGGCAATTTTATGCACTGTGATAAGCGGCTTTTTCAGAGAGAAAGACTCTCTGTCGATGGGttt < 2:1236696/150‑1 (MQ=255) cTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCTCACAGTGAATATTGGCTGATTAAAGCAGCGGCAAATTTATGCACTGTGATAAGCGGCTTTTTCAGAGAGAAAGACTCTCTGGCGATGGGttt < 2:198533/150‑1 (MQ=255) gTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCTCACAGTGAATATTGGCTGATTAAAGCAGCGGCAAATTTATGCACTGTGATAAGCGGCTTTTTCAGAGAGAAAGACTCTCTGGCGATGGGTTtat < 2:1811917/150‑1 (MQ=255) gTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCTCACAGTGAATATTGGCTGATTAAAGCAGCGGCAAATTTATGCACTGTGATAAGCGGCTTTTTCAGAGAGAAAGACTCTCTGGCGATGGGTTtat > 1:1669772/1‑150 (MQ=255) ttttCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCTCACAGTGAATATTGGCTGATTAAAGCAGCGGCAAATTTATGCACTGTGATAAGCGGCTTTTTCAGAGAGAAAGACTCTCTGGCGATGGGTTtata < 1:645327/150‑1 (MQ=255) taatctataaacctaaagacatctgccctgagaacaaaaaatagaccgataaatatcaataagataacagcaaacaaaacattaacatctgcgcagtacaaactataaacccatcgcCAGAGAGAAAGACTCTCTGGCGATGGGTTtata > 1:349235‑M1/118‑150 (MQ=255) tttCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCTCACAGTGAATATTGGCTGATTAAAGCAGCGGCAAATTTATGCACTGTGATAAGCGGCTTTTTCAGAGAGAAAGACTCTCTGGCGATGGGTTTATAg < 2:1113170/150‑1 (MQ=255) tCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCTCACAGTGAATATTGGCTGATTAAAGCAGCGGCAAATTTATGCACTGTGATAAGCGGCTTTTTCAGAGAGAAAGACTCTCTGGCGATGGGTTTATAGtt > 1:334927/1‑150 (MQ=255) tCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCTCACAGTGAATATTGGCTGATTAAAGCAGCGGCAAATTTATGCACTGTGATAAGCGGCTTTTTCAGAGAGAAAGACTCTCTGGCGATGGGTTTATAGtt < 2:1667709/150‑1 (MQ=255) 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2:976998/1‑149 (MQ=255) ttCAGAGAGAAAGACTCTCTGGCGATGGGTTTATAGTTTGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACC > 1:1122984‑M1/1‑150 (MQ=255) ttCAGAGAGAAAGACTCTCTGGCGATGGGTTTATAGTTTGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACC < 1:478139‑M1/150‑1 (MQ=255) ttCAGAGAGAAAGACTCTCTGGCGATGGGCGTATAGTTGGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGGTTATAGAGTAATCTGATCTACC < 2:1907656‑M1/150‑1 (MQ=255) ttCAGAGAGAAAGACTCTATGGCGATGCGTTTATAGTTACTACTGCGCACATGTTAATGTTTTGTTTGCTCTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATATTTTGATCTCAGCGCAGATGTCATTAGGTTTAAAGATTAATCTGATCTAcc > 2:1940668/1‑150 (MQ=255) gccagagagtctttctctctgGCGATGGGTTTATAGTTTGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTAcc > 1:308476‑M2/22‑150 (MQ=255) 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gtctttctctctgGCGATGGGTTTATAGTTTGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCTTTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCATTtgtg < 2:349235‑M2/137‑1 (MQ=255) GAAAGACTCTCTGGCGATGGGTTTATAGTTTGTACTGCTCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCATTtgtg > 1:591110‑M1/1‑150 (MQ=255) GAAAGACTCTCTGGCGATGGGTTTATAGTTTGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTAcc < 2:1702883‑M1/142‑1 (MQ=255) GAAAGACTCTCTGGCGATGGGTTTATAGTTTGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCATTtgtg > 2:585507‑M1/1‑150 (MQ=255) gACTCTCTGGCGATGGGTTTATAGTTTGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCAcaaatgggta < 1:1522443‑M1/150‑11 (MQ=255) ctctGGCGATGGGTTTATAGTTTGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCAcaaatgggtagatc < 2:320184‑M1/150‑15 (MQ=255) tctgGCGATGGGTTTATAGTTTGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCATTTGTGGGTAAAAAt < 2:934144‑M2/146‑1 (MQ=255) ctGGCGATGGGTTTATAGTTTGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCAcaaatgggtagatcag < 2:1033711‑M1/150‑17 (MQ=255) gGCGATGGGTTTATATTTTGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATaca < 1:833113‑M2/149‑1 (MQ=255) gGCGATGGGTTTATAGTTTGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATaca > 1:1717924‑M2/2‑150 (MQ=255) gGCGATGGGTTTATAGTTTGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATaca < 2:973642‑M2/149‑1 (MQ=255) | TTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCTCACAGTGAATATTGGCTGATTAAAGCAGCGGCAAATTTATGCACTGTGATAAGCGGCTTTTTCAGAGAGAAAGACTCTCTGGCGATGGGTTTATAGTTTGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATACAC > NC_000913/4348807‑4349105 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |