| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,483,900 | T→A | 6.0% | V49D (GTC→GAC) | evgA → | DNA‑binding transcriptional activator EvgA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,483,900 | 0 | T | A | 6.0% | 315.3 / 7.5 | 101 | V49D (GTC→GAC) | evgA | DNA‑binding transcriptional activator EvgA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/53); new base A (2/4); total (43/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
ATCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAATATAGCGGAATTATTATTATCGTCTCCGCTAAAAATGACCATTTTTACGGGAAACATTGTGCTGATGCTGGCGCTAATGGT > NC_000913/2483751‑2484048 | atCTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGt < 1:645669/150‑1 (MQ=255) cTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGtca > 1:1220255/1‑150 (MQ=255) cTATGAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGtca < 1:415300/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |