| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,483,912 | T→A | 5.9% | V53D (GTC→GAC) | evgA → | DNA‑binding transcriptional activator EvgA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,483,912 | 0 | T | A | 5.9% | 316.7 / 7.8 | 101 | V53D (GTC→GAC) | evgA | DNA‑binding transcriptional activator EvgA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/55); new base A (2/4); total (42/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
AATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAATATAGCGGAATTATTATTATCGTCTCCGCTAAAAATGACCATTTTTACGGGAAACATTGTGCTGATGCTGGCGCTAATGGTTTCGTGAGTAA > NC_000913/2483763‑2484059 | aataatTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGt > 1:752381/1‑150 (MQ=255) ataatTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTc < 2:716039/150‑1 (MQ=255) aatTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAGACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGa > 2:1657378/1‑150 (MQ=255) 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tGCTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTAt > 1:1076260/1‑150 (MQ=255) cTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCGAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATcc < 1:1509365/150‑1 (MQ=255) tCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAgg < 1:1849401/150‑1 (MQ=255) tCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAgg < 1:708478/150‑1 (MQ=255) gcagcaATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGgtg < 2:1220255/150‑1 (MQ=255) 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catTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAATATAGCGGAATTATTATTATCGTCTCCGCTAAAAATGACCATTTTTACGGGAAACATTGTGCTGATGCTGGCGCTAATGGTTTCGt < 1:726386/150‑1 (MQ=255) tGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAATATAGCGGAATTATTATTATCGTCTCCGCTAAAAATGACCATTTTTACGGGAAACATTGTGCTGATGCTGGCGCTAATGGTTTCGTGAGTaa > 1:1183110/1‑150 (MQ=255) | AATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAATATAGCGGAATTATTATTATCGTCTCCGCTAAAAATGACCATTTTTACGGGAAACATTGTGCTGATGCTGGCGCTAATGGTTTCGTGAGTAA > NC_000913/2483763‑2484059 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |