| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,493,691 | C→A | 5.2% | intergenic (‑437/+76) | frc ← / ← yfdX | formyl‑CoA transferase/protein YfdX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,493,691 | 0 | C | A | 5.2% | 376.1 / 4.2 | 112 | intergenic (‑437/+76) | frc/yfdX | formyl‑CoA transferase/protein YfdX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (46/59); new base A (4/3); total (50/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
CAAGGGTATGATTACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATGCGAGTTTATAGCACCGCGAGCGCCAAATAATTTTATGACCACAACCTGTCGTATTGTGGTCATAAAAAATTGTCGGCTGGAGGGAGTTAAATCCTTTACCTCAATATACTGCCTGTCAGCATTAGTTCACAAACAGTGCTTCGCTATCGACGATGATTCCATCTTCCGCACCTTTAAGCGCCAGGTTTGCC > NC_000913/2493542‑2493836 | caagGGTATGATTACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATGCGAGTTTATAGCACCGCGAGCGCCAAATAATTTTATGACCACAAcc < 2:122933/150‑1 (MQ=255) gTATGATTACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGATGAATATAAAATGCGAGTTTATAGCACCGCGAGCGCCAAATAATTTTATGACCACAACCTGTCg < 2:622631/150‑1 (MQ=255) gTATGATTACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATGCGAGTTTATAGCACCGCGAGCGCCAAATAATTTTATGACCACAACCTGTCg < 1:1195365/150‑1 (MQ=255) 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aacataaTAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATGCGAGTTTATAGCACCGCGAGCGCCAAATAATTTTATGACCACAACCTGTCGTATTGTGGTCATAAAAAATTGTCGGCTGGAGGGAGt < 1:1638688/150‑1 (MQ=255) aacataaTAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATGCGAGTTTATAGCACCGCGAGCGCCAAATAATTTTATGACCACAACCTGTCGTATTGTGGTCATAAAAAATTGTCGGCTGGAGGGAGt > 2:576864/1‑150 (MQ=255) acataaTAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATGCGAGTTTATAGCACCGCGAGCGCCAAATAATTTTATGACCACAACCTGTCGTATTGTGGTCATAAAAAATTGTCGGCTGGAGGGAGtt > 1:1564155/1‑150 (MQ=255) ataataAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATGCGAGTTTATAGCACCGCGAGCGCCAAATAATTTTATGACCACAACCTGTCGTATTGTGGTCATAAAAAATTGTCGGCTGGAGGGAGTTaa > 2:1502070/1‑150 (MQ=255) aataaATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATGCGAGTTTATAGCACCGCGAGCGCCAAATAATTTTATGACCACAACCTGTCGTATTGTGGTCATAAAAAATTGTCGGCTGGAGGGAGTTAAAt > 1:166530/1‑150 (MQ=255) 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aaTGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATGCGAGTTTATAGCACCGCGAGCGCCAAATAATTTTATGACCACAACCTGTCGTATTGTGGTCATAAAAAATTGTCGGCTGGAGGGAGTTAAATCCtt < 2:1284799/150‑1 (MQ=255) aTGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATGCGAGTTTATAGCACCGCGAGCGCCAAATAATTTTATGACCACAACCTGTCGTATTGTGGTCATAAAAAATTGTCGGCTGGAGGGAGTTAAATCCttt < 1:27504/150‑1 (MQ=255) caTTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATGCGAGTTTATAGCACCGCGAGCGCCAAATAATTTTATGACCACAACCTGTCGTATTGTGGTCATAAAAAATTGTCGGCTGGAGGGAGTTAAATCCTTTAc < 2:1861848/149‑1 (MQ=255) tttGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATGCGAGTTTATAGCACCGCGAGCGCCAAATAATTTTATGACCACAACCTGTCGTATTGTGGTCATAAAAAATTGTCGGCTGGAGGGAGTTAAATCCTTTACCt > 1:865372/1‑150 (MQ=255) ttGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATGCGAGTTTATAGCACCGCGAGCGCCAAATAATTTTATGACCACAACCTGTCGTATTGTGGTCATAAAAAATTGTCGGCGGGAGGGAGTTAAATCCTTTACCTc < 2:1484135/150‑1 (MQ=255) 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ccAAATAATTTTATGACCACAACCTGTCGTATTGTGGTCATAAAAAATTGTCGGCTGGAGGGAGTTAAATCCTTTACCTCAATATACTGCCTGTCAGCATTAGTTCACAAACAGTGCTTCGCTATCGACGATGATTCCATCTTCCGCAcc < 2:865372/150‑1 (MQ=255) cAAATAATTTTATGACCACAACCTGTCGTATTGTGGTCATAAAAAATTGTCGGCTGGAGGGAGTTAAATCCTTTACCTCAATATACTGCCTGTCAGCATTAGTTCACAAACAGTGCTTCGCTATCGACGATGATTCCATCTTCCGCACCt < 1:908596/150‑1 (MQ=255) taatTTTATGACCACAACCTGTCGTATTGTGGTCATAAAAAATTGTAGGCTGGAGGGAGTTAAATCCTTTACCTCAATATACTGCCTGTCAGCATTAGTTCACAAACAGTGCTTCGCTATCGACGATGATTCCATCTTCCGCCCCTTTaa > 2:1187515/1‑150 (MQ=255) ttttttATGACCACAATACGACAGGTTGTGGTCATAAAAAATTGTCGGCTGGAGGGAGTTAAATCCTTTACCTCAATATACTGCCTGTCAGCATTAGTTCACAAACAGTGCTTCGCTATCGACGATGATTCCATCTTCCGCACCTTTAAg > 1:221012/3‑150 (MQ=38) aatTTTATGACCACAACCTGTCGTATTGTGGTCATAAAAAATTGTCGGCTGGAGGGAGTTAAATCCTTTACCTCAATATACTGCCTGTCAGCATTAGTTCACAAACAGTGCTTCGCTATCGACGATGATTCCATCTTCCGCACCTTTAAg < 2:166530/150‑1 (MQ=255) 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caACCTGTCGTATTGTGGTCATAAAAAATTGTCGGCTGGAGGGAGTTAAATCCTTTACCTCAATATACTGCCTGTCAGCATTAGTTCACAAACAGTGCTTCGCTATCGACGATGATTCCATCTTCCGCACCTTTAAGCGCCAGGTTTGcc < 1:1103005/150‑1 (MQ=255) | CAAGGGTATGATTACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATGCGAGTTTATAGCACCGCGAGCGCCAAATAATTTTATGACCACAACCTGTCGTATTGTGGTCATAAAAAATTGTCGGCTGGAGGGAGTTAAATCCTTTACCTCAATATACTGCCTGTCAGCATTAGTTCACAAACAGTGCTTCGCTATCGACGATGATTCCATCTTCCGCACCTTTAAGCGCCAGGTTTGCC > NC_000913/2493542‑2493836 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |