Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 2,753,986 | A→T | 10.4% | intergenic (+40/+22) | bamE → / ← yfjF | outer membrane protein assembly factor BamE/putative component of the Rsx system |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,753,986 | 0 | A | T | 10.4% | 365.0 / 24.1 | 131 | intergenic (+40/+22) | bamE/yfjF | outer membrane protein assembly factor BamE/putative component of the Rsx system |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (64/53); new base T (8/6); total (72/59) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
CAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGCCGGACGGCTGTAA > NC_000913/2753839‑2754134 | cAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATg > 2:229533/1‑150 (MQ=255) cAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATg < 2:246477/150‑1 (MQ=255) aGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGa < 1:1480436/150‑1 (MQ=255) agaaCCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAg < 1:1017804/148‑1 (MQ=255) cAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCt > 2:657735/1‑150 (MQ=255) ggTCATGAAGGTGTAACTCAGTAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCttt > 2:624561/1‑150 (MQ=255) ggTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCATTGAGCACCttt < 2:1773800/150‑1 (MQ=255) gTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCtttt < 2:4652/150‑1 (MQ=255) tCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGAAAACAAACCTGCGCTGAGGGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCttttt < 1:1111149/150‑1 (MQ=255) cATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCAGCtttttt > 2:1779718/1‑150 (MQ=255) cATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCtttttt > 2:134635/1‑150 (MQ=255) aTGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTtc < 1:798054/150‑1 (MQ=255) taaGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTtctg < 2:1601089/149‑1 (MQ=255) 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tgacgctgacCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGCGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGAttt > 2:1528426/1‑150 (MQ=255) gacgctgacCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGAtttt < 2:26608/150‑1 (MQ=255) cgctgacCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCATTGAGCACCttttttaa < 2:1593983/124‑3 (MQ=255) cgctgacCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTc < 1:367043/150‑1 (MQ=255) cgctgacCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTc < 2:746277/150‑1 (MQ=255) 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tGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGCCGGACGGc > 1:862303/1‑150 (MQ=255) gCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGCCGGACGGCt > 1:1457744/1‑150 (MQ=255) cTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGCCGGACGGCTg < 2:295239/150‑1 (MQ=255) cTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGCCGGACGGCTg > 1:174594/1‑150 (MQ=255) cTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGCCGGACGGCTg > 1:243641/1‑150 (MQ=255) 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1:1428301/1‑150 (MQ=255) aaTGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGCCGGACGGCTGTaa < 1:1009446/150‑1 (MQ=255) | CAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGCCGGACGGCTGTAA > NC_000913/2753839‑2754134 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |