Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,769,503 | C→T | 6.1% | intergenic (+17/‑200) | yfjQ → / → yfjR | CP4‑57 prophage; protein YfjQ/CP4‑57 prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,769,503 | 0 | C | T | 6.1% | 196.8 / 2.2 | 65 | intergenic (+17/‑200) | yfjQ/yfjR | CP4‑57 prophage; protein YfjQ/CP4‑57 prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/40); new base T (2/2); total (23/42) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.10e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.17e-01 |
ACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAAATAGTTTCTGCGTTGTCCATACCCTGTCCGCCCCC > NC_000913/2769360‑2769647 | aCTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACgttgtt < 2:1796610/150‑1 (MQ=255) tCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTaa < 1:632234/150‑1 (MQ=255) cAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAat < 2:1611095/150‑1 (MQ=255) tGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATc > 2:943046/1‑150 (MQ=255) gCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCATGTTGTTAATATc > 1:1546128/1‑147 (MQ=255) gCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCATGTTGTTAATATc < 2:1546128/147‑1 (MQ=255) cGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGac < 1:1458439/150‑1 (MQ=255) cGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGac < 1:1200248/150‑1 (MQ=255) cGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGac > 1:368684/1‑150 (MQ=255) tAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGacac > 1:531281/1‑150 (MQ=255) gCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGCCGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACaccacc > 1:1965049/1‑150 (MQ=255) aaGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTc < 1:1105739/150‑1 (MQ=255) cggcggcCGAACTCATCCTGGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTcc < 1:873493/149‑1 (MQ=255) ggCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCg > 1:603190/1‑150 (MQ=255) gACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATc < 1:1454677/150‑1 (MQ=255) cGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGc < 2:1736029/150‑1 (MQ=255) aCTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCTCATCGCTAt < 2:1676522/150‑1 (MQ=255) aCTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTAt > 1:361563/1‑150 (MQ=255) cTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTAtg > 1:1177561/1‑150 (MQ=255) cTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTAtg > 1:1800171/1‑150 (MQ=255) cATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTAtgtg < 1:943046/150‑1 (MQ=255) tACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCt < 1:1064669/150‑1 (MQ=255) cTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCg > 1:615972/1‑150 (MQ=255) cTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCg < 2:361563/150‑1 (MQ=255) gtgccgtgcGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCgtgt < 2:1251222/150‑1 (MQ=255) gtgccgtgcGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCgtgt > 2:528989/1‑150 (MQ=255) tgccgtgcGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGtgtg < 1:1860661/150‑1 (MQ=255) gccgtgcGTGGCATTGACGGGCATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGc > 2:888386/1‑150 (MQ=255) ccgtgcGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGcc < 1:1542584/150‑1 (MQ=255) cgtgcgtgGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCt > 1:278238/1‑150 (MQ=255) cgtgGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAAt > 2:395583/1‑150 (MQ=255) ggCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATccc < 1:528989/150‑1 (MQ=255) gCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCaaggggg > 1:1816560/1‑145 (MQ=255) cATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCaa > 1:293658/1‑144 (MQ=255) cATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCaa < 2:293658/144‑1 (MQ=255) ttGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGGTATGTGCTCGTGTGCCTAAATCCCCCgg < 2:615972/150‑1 (MQ=255) tGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGt > 2:1503973/1‑150 (MQ=255) gACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCGCCCgggg > 2:1142682/1‑148 (MQ=255) cGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCATGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTtat > 2:758855/1‑150 (MQ=255) cGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCGCCGGTtat > 2:114295/1‑150 (MQ=255) ggggATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTtata < 1:1752661/150‑1 (MQ=255) gggATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAg < 2:368684/150‑1 (MQ=255) tgtgAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCttt < 1:1197543/150‑1 (MQ=255) gAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATGCCCCGGGTATAGCgtttgg > 2:1109655/1‑148 (MQ=255) gAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTaa < 2:531281/150‑1 (MQ=255) aGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAAcc < 2:1216876/150‑1 (MQ=255) aCCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTa < 2:1016000/141‑1 (MQ=255) aCCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTa > 1:1016000/1‑141 (MQ=255) gcgcTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATc < 1:395583/150‑1 (MQ=255) gcgcTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATc < 1:500838/150‑1 (MQ=255) tgggggTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATCTCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGc < 2:1672552/147‑1 (MQ=255) gggTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCttt < 1:888386/150‑1 (MQ=255) gTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTg < 2:242287/150‑1 (MQ=255) 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gTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAAATAGTTTCTGCGTTGTCCATACCCTGTCCGccc < 1:1503973/150‑1 (MQ=255) tGCCACGGTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAAATAGTTTCTGTGTTGTCCATACCCTGTCCGccccc < 2:1965049/150‑1 (MQ=255) | ACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAAATAGTTTCTGCGTTGTCCATACCCTGTCCGCCCCC > NC_000913/2769360‑2769647 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |