Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 313,276 | C→A | 8.2% | intergenic (‑34/+440) | ykgR ← / ← ykgP | putative membrane protein YkgR/putative oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 313,276 | 0 | C | A | 8.2% | 539.7 / 22.3 | 164 | intergenic (‑34/+440) | ykgR/ykgP | putative membrane protein YkgR/putative oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (49/101); new base A (4/10); total (53/111) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.15e-01 |
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
GTTTATTTCCGTTATTAATAGAAATGGAGAAATAAATAGGCGTATTCTACAATTGCGACAAAAACAACGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTATTGCACCAACGTCATTGATATATGTCGCCTGAAGTCAGTTCCGGGAATGAGTCTG > NC_000913/313127‑313424 | gTTTATTTCCGTTATTAATAGAAATGGAGAAATAAATAGGCGTATTCTACAATTGCGACAAAAACAACGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTTc > 1:59561/1‑150 (MQ=255) ttATTTCCGTTATTAATAGAAATGGAGAAATAAATAGGCGTATTCTACAATTGCGACAAAAACAACGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTTCGt < 1:659991/150‑1 (MQ=255) tttCCGTTATTAATAGAAATGGAGAAATAAATAGGCGTATTCTACAATTGCGACAAAAACAACGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTTCGTAAg < 2:1382915/150‑1 (MQ=255) 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ttGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTATTGCACCAACGTCATTGatata < 1:1408335/150‑1 (MQ=255) tttACTTCCTAGATTTAAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCATTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTATTGCACCAACGTCATTGATATATg < 1:839458/148‑1 (MQ=255) gTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACt > 2:741979/1‑117 (MQ=255) ttCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATg > 2:28321/1‑100 (MQ=255) ccTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTATTGCACCAACGTCATTGATATATGTCg < 2:442583/146‑1 (MQ=255) ccTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTATTGCACCAACGTCATTGATATATGTCg > 1:442583/1‑146 (MQ=255) ccTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTATTGCACCAACGTCATTGATATATGTCGCCTg < 1:223956/150‑1 (MQ=255) cTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTATTGCACCAACGTCATTGATATATGTCGCCTGa < 1:1098801/150‑1 (MQ=255) tCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTATTGCACCAACGTCATTGATATATGTCGCCTGaa < 2:1237868/150‑1 (MQ=255) cGCTTTAAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTTTCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTATTGCACCAACGTCATTGATATATGTCGCCTGAAg < 1:1730297/150‑1 (MQ=255) cGCTTTAAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTATTGCACCAACGTCATTGATATATGTCGCCTGAAg < 1:1079702/150‑1 (MQ=255) cTTTAAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTATTGCACCAACGTCATTGATATATGTCGCCTGAAGTc < 1:1233900/150‑1 (MQ=255) aaaGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTCACATGTACCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTATTGCACCAACGTCATTGATATATGTCGCCTGAAGTCAGTTCCg > 1:872484/1‑150 (MQ=255) agagTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTATTGCACCAACGTCATTGATATATGTCGCCTGAAGTCAGTTCCggg < 2:1734207/150‑1 (MQ=255) cACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTATTGCACCAACGTCATTGATATATGTCGCCTGAAGTCAGTTCCGGGAATGAg < 2:1956665/150‑1 (MQ=255) cTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTATTGCACCAACGTCATTGATATATGTCGCCTGAAGTCAGTTCCGGGAATGAGTc < 2:150731/150‑1 (MQ=255) | GTTTATTTCCGTTATTAATAGAAATGGAGAAATAAATAGGCGTATTCTACAATTGCGACAAAAACAACGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTATTGCACCAACGTCATTGATATATGTCGCCTGAAGTCAGTTCCGGGAATGAGTCTG > NC_000913/313127‑313424 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |