| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,890,949 | C→T | 5.7% | W317* (TGG→TAG) | cysJ ← | sulfite reductase, flavoprotein subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,890,949 | 0 | C | T | 5.7% | 273.4 / 4.3 | 87 | W317* (TGG→TAG) | cysJ | sulfite reductase, flavoprotein subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/48); new base T (2/3); total (36/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.67e-01 | |||||||||||
AAACGCACCATGTCAACAATCGGCGTCGTCGCGGCGTAATGCTGTAACTTCGCTTTATCGCCCACCAGCGGCAGCAGTGTTTCACTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCGACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATG > NC_000913/2890802‑2891098 | aaaCGCACCATGTCAACAATCGGCGTCGTCGCGGCGTAATGCTGTAACTTCGCTTTATCGCCCACCAGCGGCAGCAGTGTTTCACTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCAc < 2:747691/150‑1 (MQ=255) cACCATGTCAACAATCGGCGTCGTCGCGGCGTAATGCTGTAACTTCGCTTTATCGCCCACCAGCGGCAGCAGTGTTTCACTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAg > 1:598323/1‑150 (MQ=255) cACCATGTCAACAATCGGCGTCGTCGCGGCGTAATGCTGTAACTTCGCTTTATCGCCCACCAGCGGCAGCAGTGTTTCACTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGCGCTACAGtgg > 1:911744/1‑148 (MQ=255) 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gCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCGACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCa < 1:601/150‑1 (MQ=255) gCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCGACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCa > 1:357579/1‑150 (MQ=255) gCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCGACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCa > 1:1135364/1‑150 (MQ=255) ccACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCGACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCAt > 2:304329/1‑150 (MQ=255) cACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCGACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATg > 1:1414060/1‑150 (MQ=255) | AAACGCACCATGTCAACAATCGGCGTCGTCGCGGCGTAATGCTGTAACTTCGCTTTATCGCCCACCAGCGGCAGCAGTGTTTCACTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCGACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATG > NC_000913/2890802‑2891098 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |