| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,890,952 | T→A | 5.7% | Q316L (CAG→CTG) | cysJ ← | sulfite reductase, flavoprotein subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,890,952 | 0 | T | A | 5.7% | 278.7 / 5.5 | 88 | Q316L (CAG→CTG) | cysJ | sulfite reductase, flavoprotein subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/47); new base A (2/3); total (38/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 | |||||||||||
CACCATGTCAACAATCGGCGTCGTCGCGGCGTAATGCTGTAACTTCGCTTTATCGCCCACCAGCGGCAGCAGTGTTTCACTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCGACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCC > NC_000913/2890807‑2891101 | cACCATGTCAACAATCGGCGTCGTCGCGGCGTAATGCTGTAACTTCGCTTTATCGCCCACCAGCGGCAGCAGTGTTTCACTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAg > 1:598323/1‑150 (MQ=255)cACCATGTCAACAATCGGCGTCGTCGCGGCGTAATGCTGTAACTTCGCTTTATCGCCCACCAGCGGCAGCAGTGTTTCACTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGCGCTACAGtgg > 1:911744/1‑148 (MQ=255) tGTCAACAATCGGCGTCGTCGCGGCGTAATGCTGTAACTTCGCTTTATCGCCCACCAGCGGCAGCAGTGTTTCACTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCtt > 2:1341019/1‑150 (MQ=255) 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gCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCGACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCa < 1:601/150‑1 (MQ=255) gCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCGACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCa > 1:1135364/1‑150 (MQ=255) ccACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCGACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCAt > 2:304329/1‑150 (MQ=255) cACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCGACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATg > 1:1414060/1‑150 (MQ=255) tGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCGACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGccc > 2:796946/1‑150 (MQ=255) | CACCATGTCAACAATCGGCGTCGTCGCGGCGTAATGCTGTAACTTCGCTTTATCGCCCACCAGCGGCAGCAGTGTTTCACTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCGACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCC > NC_000913/2890807‑2891101 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |