| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,987,105 | A→G | 9.1% | intergenic (+29/‑431) | yqeG → / → yqeH | putative transporter YqeG/putative LuxR family transcriptional regulator YqeH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,987,105 | 0 | A | G | 9.1% | 694.9 / 42.6 | 240 | intergenic (+29/‑431) | yqeG/yqeH | putative transporter YqeG/putative LuxR family transcriptional regulator YqeH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (143/75); new base G (16/6); total (159/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
TTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTATCAGTTAGTTAAACACACAAAGAGATCTGAACATCTTAAATAAGACTATTTAAGATGCATAACTTAG > NC_000913/2986957‑2987254 | tcatcaTGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTACa > 1:934735/1‑150 (MQ=255) catcatGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCCCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATAGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTACaa > 2:1071737/1‑150 (MQ=255) gCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGG‑ATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGa < 1:1998439/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |