Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,192,129 | T→A | 5.0% | intergenic (‑190/‑79) | glgS ← / → yqiJ | surface composition regulator/putative inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,192,129 | 0 | T | A | 5.0% | 1129.9 / 28.6 | 337 | intergenic (‑190/‑79) | glgS/yqiJ | surface composition regulator/putative inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (152/168); new base A (5/12); total (157/180) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.12e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 |
Only 100 of 367 total aligned reads displayed.
TGCTTTTTCTGATTTCAGTATTCCCCAATCAGTGTAGTGCCTTTAAACATAACGTGCGTAAATATATTGTCCCCGATCACACTTTTTAGTGAAAAATAAAAAACCATATTAAAAGACTTTCTCTTCCAGAACTTCTCTAACCTGTGTTATTATTAACACAGATAAATGTAAGCAAGGAAACTATTACAAAGTAAATATTGCGTCACTAAATGGACATTGGAGTGATATATGATTTTATTCGCCGACTATAACACCCCTTATCTTTTCGCTATTTCCTTTGTACTGTTGATCGGCCTGTT > NC_000913/3191980‑3192278 | cTTTTTCTTATTTCAGTATTCCCCAATCAGTGTAGTGACTTTAAACATAACGTGCGTAAATATATTGTCCCAGATCACACTTTTTAGTGAAAAATAAAAAACCATATTAAAAGACTTTCTCTTCCAGAACTTCTCTAACCTGTGttatta < 1:1848681/150‑1 (MQ=255) cTTTTTCTGATTTCAGTATTCCCCAATCAGTGTAGTGCCTTTAAACATAACGTGCGTAAATATATTGTCCCCGATCACACTTTTTAGTGAAAAATAAAAAACCATATTAAAAGACTTTCTCTTCCAGAACTTCTCTAACCTGTGttatta < 1:826988/150‑1 (MQ=255) tttttCTGATTTCAGTATTCCCCAATCAGTGTAGTGCCTTTAAACATAACGTGCGTAAATATATTGTCCCCGATCACACTTTTTAGTGAAAAATAAAAAACCATATTAAAAGACTTTCTCTTCCAGAACTTCTCTAACCTGTGttattat < 2:278094/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |