| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,233,155 | A→T | 5.1% | K497N (AAA→AAT) ‡ | fadH → | 2,4‑dienoyl‑CoA reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,233,155 | 0 | A | T | 5.1% | 320.6 / 5.0 | 97 | K497N (AAA→AAT) ‡ | fadH | 2,4‑dienoyl‑CoA reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/44); new base T (2/3); total (50/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.13e-01 | |||||||||||
CCGTGACGGCGGATCAGTTACAGGCTTTCGATGAAACGATCCTCGCCAGTGGGATCGTGCCGCGCACTCCGCCCATCGACGGGATCGATCATCCGAAGGTATTGAGTTATCTCGATGTACTGCGCGACAAAGCGCCGGTTGGCAACAAAGTTGCCATCATCGGTTGTGGCGGGATTGGTTTTGATACGGCGATGTATTTAAGTCAGCCGGGCGAATCCACCAGCCAGAATATCGCCGGGTTCTGTAATGAATGGGGGATCGACAGTAGCCTACAACAGGCTGGTGGCTTAAG > NC_000913/3233007‑3233298 | ccGTGACGGCGGATCAGTTACAGGCTTTCGATGAAACGATCCTCGCCAGTGGGATCGTGCCGCGCACTCCGCCCATCGACGGGATCGATCATCCGAAGGTATTGAGTTATCTCGATGTACTGCGCGACAAAGCGCCGGTTGGCAACAAAg > 1:429363/1‑150 (MQ=255)ccGTGACGGCGGATCAGTTACAGGCTTTCGATGAAACGATCCTCGCCAGTGGGATCGTGCCGCGCACTCCGCCCATCGACGGGATCGATCATCCGAAGGTATTGAGTTATCTCGATGTACTGCGCGACAAAGCGCCGGTTGGCAACAAAg < 1:945834/150‑1 (MQ=255) tGACGGCGGATCAGTTACAGGCTTTCGATGAAACGATCCTCGCCAGTGGGATCGTGCCGCGCACTCCGCCCATCGACGGGATCGATCATCCGAAGGTATTGAGTTATCTCGATGTACTGCGCGACAAAGCGCCGGTTGGCAACAAAGTTg > 1:1474927/1‑150 (MQ=255) gACGGCGGATCAGTTACAGGCTTTCGATGAAACGATCCTCGCCAGTGGGATCGTGCCGCGCACTCCGCCCATCGACGGGATCGATCATCCGAAGGTATTGAGTTATCTCGATGTACTGCGCGACAAAGCGCCGGTTGGCAACAAAGTTGc > 2:202382/1‑150 (MQ=255) cggcggATCAGTTACAGGCTTTCGATGATACGATCCTCGCCAGTGGGATCGTGCCGCGCACTCCGCCCATCGACGGGATCGATCATCCGAAGGTATTGAGTTATCTCGATGTACTGCGCGACAAAGCGCCGGTTGGCAACAAAGTTGCca < 2:141991/150‑1 (MQ=255) ggcggATCAGTTACAGGCTTTCGATGAAACGATCCTCGCCAGTGGGATCGTGCCGCGCACTCCGCCCATCGACGGGATCGATCATCCGAAGGTATTGAGTTATCTCGATGTACTGCGCGACAAAGCGCCGGTTGGCAACAAAGTTGCcat < 2:1525550/150‑1 (MQ=255) gcggATCAGTTACAGGCTTTCGATGAAACGATCCTCGCCAGTGGGATCGTGCCGCGCACTCCGCCCATCGACGGGATCGATCATCCGAAGGTATTGAGTTATCTCGATGTACTGCGCGACAAAGCGCCGGTTGGCAACTTTGTTGCcaac < 2:1714849/150‑3 (MQ=255) cgagataactcaataccttcggatgatcgatcccgtcgatgggcggagtgcgcggcacgatcccactggcgaggatcgtttcatcCGAAGGTATTGAGTTATCTCGATGTACTGCGCGACAAAGCGCCGGTTGGCAACAAAGTTGCcatc > 2:1412730‑M2/86‑150 (MQ=255) 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tCAGTTACAGGCTTTCGATGAAACGATCCTCGCCAGTGGGATCGTGCCGCGCACTCCGCCCATCGACGGGATCGATCATCCGAAGGTATTGAGTTATCTCGATGTACTGCGCGACAAAGCGCCGGTTGGCAACAAAGTTGCCATCATCgg < 2:950653/150‑1 (MQ=255) aGTTACAGGCTTTCGATGAAACGATCCTCGCCAGTGGGATCGTGCCGCGCACTCCGCCCATCGACGGGATCGATCATCCGAAGGTATTGAGTTATCTCGATGTACTGCGCGACAAAGCGCCGGTTGGCAACAAAGTTGCCATCATCGGtt > 2:592957/1‑150 (MQ=255) gTTACAGGCTTTCGATGAAACGATCCTCGCCAGTGGGATCGTGCCGCGCACTCCGCCCATCGACGGGATCGATCATCCGAAGGTATTGAGTTATCTCGATGTACTGCGCGACAAAGCGCCGGTTGGCAACAAAGTTGCCATCATCGGTtg > 1:1510441/1‑150 (MQ=255) agtcTTTCTATGAAACGATCCTCGCCAGTGGTATCGTGCTGCGCACTCCGCCCATCGACGGTATCGATCATCCGAATGTATTGAGTTATCTCGATTTACTGCGCGACAAAGCGCCTGTTGGCAACAAAGTTGCCATCATCGTTTGTGGCg < 2:851206/147‑1 (MQ=255) aGGCTTTCGATGAAACGATCCTCGCCAGTGGGATCGTGCCGCGCACTCCGCCCATCGACGGGATCGATCATCCGAAGGTATTGAGTTATCTCGATGTACTGCGCGACAAAGCGCCGGTTGGCAACAAAGTTGCCATCATCGGTTGTGGCg > 1:276912/1‑150 (MQ=255) 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atcgatcccgtcgatgggcggagtgcgcggcacgatcccactggcgaggatcgatcatcCGAAGGTATTGAGTTATCTCGATGTACTGCGCGACAAAGCGCCGGTTGGCAACAAAGTTGCCATCATCGGTTGTGGCGGGATTGGTTTTGa > 1:75347‑M2/60‑150 (MQ=255) aaCGATCCTCGCCAGTGGGATCGTGCCGCGCACTCCGCCCATCGACGGGATCGATCATCCGAAGGTATTGAGTTATCTCGATGTACTGCGCGACAAAGCGCCGGTTGGCAACAAAGTTGCCATCATCGGTTGTGGCGGGATTGGTTTTGa < 1:914510/150‑1 (MQ=255) cGATCCTCGCCAGTGGGATCGTGCCGCGCACTCCGCCCATCGACGGGATCGATCATCCGAAGGTATTGAGTTATCTCGATGTACTGCGCGACAAAGCGCCGGTTGGCAACAAAGTTGCCATCATCGGTTGTGGCGGGATTGGTTTTGATa > 1:1852363/1‑150 (MQ=255) aTCCTCGCCAGTGGGATCGTGCCGCGCACTCCGCCCATCGACGGGATCGATCATCCGAAGGTATTGAGTTATCTCGATGTACTGCGCGACAAAGCGCCGGTTGGCAACAAAGTTGCCATCATCGGTTGTGGCGGGATTGGTTTTGATACg > 2:1357748/1‑150 (MQ=255) tCCTCGCCAGTGGGATCGTGCCGCGCACTCCGCCCATCGACGGGATCGATCATCCGAAGGTATTGAGTTATCTCGATGTACTGCGCGACAAAGCGCCGGTTGGCAACAAAGTTGCCATCATCGGTTGTGGCGGGATTGGTTTTGATACgg < 2:1510441/150‑1 (MQ=255) 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gatGGCAACTTTGTTGCCATCATCGGTTGTGGCGGGATTGGTTTTGATACGGCGATGTATTTAAGTCAGCCGGGCGAATCCACCAGCCAGAATATCGCCGGGTTCTGTAATGAATGGGGGATCGACAGTAGCCTACAACAGGCTGGTGGc > 1:1903209/3‑150 (MQ=255) atGGCAACTTTGTTGCCATCATCGGTTGTGGCGGGATTGGTTTTGATACGGCGATGTATTTAAGTCAGCCGGGCGAATCCACCAGCCAGAATATCGCCGGGTTCTGTAATGAATGGGGGATCGACAGTAGCCTACAACAGGCTGGTGGCt > 2:985466/2‑150 (MQ=255) tGGCAACAAAGTTGCCATCATCGGTTGTGGCGGGATTGGTTTTGATACGGCGATGTATTTAAGTCAGCCGGGCGAATCCACCAGCCAGAATATCGCCGGGTTCTGTAATGAATGGGGGATCGACAGTAGCCTACAACAGGCTGGTGGCtt > 2:1588328/1‑150 (MQ=255) gCAACAAAGTTGCCATCATCGGTTGTGGCGGGATTGGTTTTGATACGGCGATGTATTTAAGTCAGCCGGGCGAATCCACCAGCCAGAATATCGCCGGGTTCTGTAATGAATGGGGGATCGACAGTAGCCTACAACAGGCTGGTGGCTTaa > 1:1510637/1‑150 (MQ=255) caacaaAGTTGCCATCATCGGTTGTGGCGGGATTGGTTTTGATACGGCGATGTATTTAAGTCAGCCGGGCGAATCCACCAGCCAGAATATCGCCGGGTTCTGTAATGAATGGGGGATCGACAGTAGCCTac > 2:845121/1‑131 (MQ=255) caacaaAGTTGCCATCATCGGTTGTGGCGGGATTGGTTTTGATACGGCGATGTATTTAAGTCAGCCGGGCGAATCCACCAGCCAGAATATCGCCGGGTTCTGTAATGAATGGGGGATCGACAGTAGCCTac 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |