Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,276,891 | T→G | 7.0% | intergenic (+38/‑111) | garD → / → prlF | galactarate dehydratase/antitoxin PrlF |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,276,891 | 0 | T | G | 7.0% | 343.4 / 14.2 | 113 | intergenic (+38/‑111) | garD/prlF | galactarate dehydratase/antitoxin PrlF |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/53); new base G (5/3); total (57/56) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 |
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
AAGTTGTTCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGAATCATGCCCGCTAATGCTCGCTCTCACGCTGTACTGA > NC_000913/3276743‑3277035 | aaGTTGTTCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTg < 2:360939/150‑1 (MQ=255) aGTTGTTCCACTTTATTCACGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGc < 2:1105663/150‑1 (MQ=255) ttgttCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCa < 2:1732597/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |