| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,288,032 | C→A | 11.2% | intergenic (+22/‑58) | yraH → / → yraI | putative fimbrial protein YraH/putative fimbrial chaperone YraI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,288,032 | 0 | C | A | 11.2% | 278.4 / 15.9 | 87 | intergenic (+22/‑58) | yraH/yraI | putative fimbrial protein YraH/putative fimbrial chaperone YraI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/38); new base A (6/4); total (45/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCCCGGCGGAATCCAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGTTTTACAGCGAA > NC_000913/3287883‑3288180 | tCCCGGCGGACTCCAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGAcc < 1:833828/150‑1 (MQ=255) ccGGCGGAATCCAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCTTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTg < 2:1288218/150‑1 (MQ=255) ggcggAATCCAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTc < 2:1351494/150‑1 (MQ=255) 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cAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGCATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACAGGTCAGATAACGc < 1:1379187/150‑1 (MQ=255) aaTGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGcc > 2:735400/1‑150 (MQ=255) aaTGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACAGGTCAGATAACGcc < 2:1660628/150‑1 (MQ=255) tGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCt < 2:624275/150‑1 (MQ=255) tGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTttcct < 2:957610/150‑1 (MQ=255) 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gACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGTTTTACAGCg > 1:362953/1‑150 (MQ=255) ccTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGTTTTACAGCGaa > 2:941047/1‑150 (MQ=255) | TCCCGGCGGAATCCAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGTTTTACAGCGAA > NC_000913/3287883‑3288180 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |