| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,387,553 | T→A | 7.3% | R212R (CGA→CGT) | aaeB ← | aromatic carboxylic acid efflux pump subunit AaeB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,387,553 | 0 | T | A | 7.3% | 293.5 / 8.1 | 94 | R212R (CGA→CGT) | aaeB | aromatic carboxylic acid efflux pump subunit AaeB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/39); new base A (2/5); total (50/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
ATTCTGAATAAGATAAGTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGTCGCACCAGGTCGCCCCAGGCTTTATCGACAACTTCACCATCGCCATGCTTGATACAGAGTTGCATTAATTGATATTGCGCGACCAGCAAACTTTCCAGCTCTCGATCCACTTCTTGTTTGATCGATCGCGGAGAAAAGAGCAAATC > NC_000913/3387409‑3387699 | aTTCTGAATAAGATAAGTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGTCGCAc > 1:188647/1‑150 (MQ=255)aTTCTGAATAAGATAAGTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGTCGCAc < 1:1523422/150‑1 (MQ=255) tCTGAATAAGATAAGTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGTCGCACCa > 1:1438906/1‑150 (MQ=255) cTGAATAAGATAAGTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGTCGCACCAg < 2:1705559/150‑1 (MQ=255) tGAATAAGATAAGTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGTCGCACCAgg > 2:496454/1‑150 (MQ=255) gAATAAGATAAGTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGACGCACCacgg < 2:1182774/150‑4 (MQ=255) aaTAAGATAAGTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGACGCACCacggc < 1:1114922/150‑5 (MQ=255) aaTAAGATAAGTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGACGCACCacggc < 1:289615/150‑5 (MQ=255) taagataagTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGTCGCACCAGGTCGc < 1:1033781/150‑1 (MQ=255) agataagTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGTCGCACCAGGTCGccc > 2:975154/1‑150 (MQ=255) agTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGACCTGGTGCGACGCACCACGgcgctacaagg < 1:1486023/150‑8 (MQ=255) gTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGTCGCACCAGGTCGCCCCAGGCt > 1:137008/1‑150 (MQ=255) gTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGTCGCACCAGGTCGCCCCAGGCt < 1:420748/150‑1 (MQ=255) gTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGTCGCACCAGGTCGCCCCAGGCt > 1:310975/1‑150 (MQ=255) cGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGTCGCACCAGGTCGCCCCAGGCTTTAt < 1:1291050/150‑1 (MQ=255) gCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGTCGCACCAgg > 2:1244824/1‑133 (MQ=255) gCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGTCGCACCAgg < 1:1244824/133‑1 (MQ=255) gCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGTCGCACCAGGTCGCCCCAGGCTTTATc < 2:347596/150‑1 (MQ=255) 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gcgcCGTGGTGCGTCGCACCAGGTCGCCCCAGGCTTTATCGACAACTTCACCATCGCCATGCTTGATACAGAGTTGCATTAATTGATATTGCGCGACCAGCAAACTTTCCAGCTCTCGATCCACTTCTTGTTTGATCGATCGCGGAGaaa > 1:1983559/1‑150 (MQ=255) gcCGTGGTGCGTCGCACCAGGTCGCCCCAGGCTTTATCGACAACTTCACCATCGCCATGCTTGATACAGAGTTGCATTAATTGATATTGCGCGACCAGCAAACTTTCCAGCTCTCGATCCACTTCTTGTTTGATCGATCGCGGAGAAAag < 1:612628/150‑1 (MQ=255) gcCGTGGTGCGTCGCACCAGGTCGCCCCAGGCTTTATCGACAACTTCACCATCGCCATGCTTGATACAGAGTTGCATTAATTGATATTGCGCGACCAGCAAACTTTCCAGCTCTCGATCCACTTCTTGTTTGATCGATCGCGGAGAAAag < 1:311978/150‑1 (MQ=255) gcCGTGGTGCGTCGCACCAGGTCGCCCCAGGCTTTATCGACAACTTCACCATCGCCATGCTTGATACAGAGTTGCATTAATTGATATTGCGCGACCAGCAAACTTTCCAGCTCTCGATCCACTTCTTGTTTGATCGATCGCGGAGAAAag < 1:1359146/150‑1 (MQ=255) acctggtgCGACGCACCAGGTCGCCCCAGGCTTTATCGACAACTTCACCATCGCCATGCTTGATACAGAGTTGCATTAATTGATATTGCGCGACCAGCAAACTTTCCAGCTCTCGATCCACTTCTTGTTTgat < 2:1102980/130‑1 (MQ=255) acctggtgCGACGCACCAGGTCGCCCCAGGCTTTATCGACAACTTCACCATCGCCATGCTTGATACAGAGTTGCATTAATTGATATTGCGCGACCAGCAAACTTTCCAGCTCTCGATCCACTTCTTGTTTgat > 1:1102980/4‑133 (MQ=255) ggtgCGACGCACCAGGTCGCCCCAGGCTTTATCGACAACTTCACCATCGCCATGCTTGATACAGAGTTGCATTAATTGATATTGCGCGACCAGCAAACTTTCCAGCTCTCGATCCACTTCTTGTTTGATCGATCGCGGAGAAAAGAGCaa > 2:422977/1‑150 (MQ=255) gCGTCGCACCAGGTCGCCCCAGGCTTTATCGACAACTTCACCATCGCCATGCTTGATACAGAGTTGCATTAATTGATATTGCGCGACCAGCAAACTTTCCAGCTCTCGATCCACTTCTTGTTTGATCGATCGCGGAGAAAAGAGCAAATc > 1:967301/1‑150 (MQ=255) gCGTCGCACCAGGTCGCCCCAGGCTTTATCGACAACTTCACCATCGCCATGCTTGATACAGAGTTGCATTAATTGATATTGCGCGACCAGCAAACTTTCCAGCTCTCGATCCACTTCTTGTTTGATCGATCGCGGAGAAAAGAGCAAATc > 1:1170897/1‑150 (MQ=255) | ATTCTGAATAAGATAAGTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGTCGCACCAGGTCGCCCCAGGCTTTATCGACAACTTCACCATCGCCATGCTTGATACAGAGTTGCATTAATTGATATTGCGCGACCAGCAAACTTTCCAGCTCTCGATCCACTTCTTGTTTGATCGATCGCGGAGAAAAGAGCAAATC > NC_000913/3387409‑3387699 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |