Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 446,786 | C→T | 9.9% | intergenic (‑120/+29) | yajR ← / ← cyoE | putative major facilitator superfamily transport protein YajR/heme O synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 446,786 | 0 | C | T | 9.9% | 191.8 / 7.2 | 71 | intergenic (‑120/+29) | yajR/cyoE | putative major facilitator superfamily transport protein YajR/heme O synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/27); new base T (5/2); total (42/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCTGGCGTCATTTTATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAGGGCAGTGATGGCGATGATAGAGAAGCCGAACAGCTTGCGCGCCCAGA > NC_000913/446641‑446930 | ccTGGCGTCATTTTATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAg > 2:151401/1‑150 (MQ=255) tGGCGTCATTTTATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGcc < 2:188766/144‑1 (MQ=255) tGGCGTCATTTTATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGcc > 1:188766/1‑144 (MQ=255) tattatCGTTCATTAGCAGCTCTGTTTTAAATTCGCTTCTAGTTTATAGCGGCAAACGTATGTGGTATACATGCGGTTTTTTTAGTAATTATTTCTTGAGGGATATGTTTCTAATGCTTAGAAAAATGGTGCTGTAGCACCTTTTTAATa < 2:1866996/150‑1 (MQ=255) tataATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATa > 1:1911095/1‑150 (MQ=255) ataATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATag < 2:385255/150‑1 (MQ=255) ataATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTCTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATag < 2:303624/150‑1 (MQ=255) aaTCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATagag < 2:968488/150‑1 (MQ=255) aTCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATagaga > 1:57809/1‑150 (MQ=255) tCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATagagag < 1:1143850/150‑1 (MQ=255) cGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAgg > 2:276000/1‑150 (MQ=255) tCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGttt < 2:1088625/150‑1 (MQ=255) tCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGttt < 2:1187998/150‑1 (MQ=255) cATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGtttt > 1:1317629/1‑150 (MQ=255) cATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGtttt > 1:593704/1‑150 (MQ=255) aTTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTg < 1:1902557/150‑1 (MQ=255) ttACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGt < 2:1317629/150‑1 (MQ=255) tACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGtt < 2:1822128/150‑1 (MQ=255) accaccTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTa < 2:435408/150‑1 (MQ=255) 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gcgACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCg > 1:1995260/1‑150 (MQ=255) tAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGc < 1:510752/150‑1 (MQ=255) aGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCg > 2:1133811/1‑150 (MQ=255) tgtAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAg > 1:1700025/1‑150 (MQ=255) tgtAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAg < 2:248242/150‑1 (MQ=255) 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ttCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAGGGCAGTGATGGc > 2:232234/1‑150 (MQ=255) ttCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAGGGCAGTGATGGc > 2:225243/1‑150 (MQ=255) cGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAGGGCAGTGATGGCga > 1:166350/1‑150 (MQ=255) gagaGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAGGGCAGTGATGGCgat < 2:57809/150‑1 (MQ=255) gggATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAGGGCAGTGATGGCGATGATa > 2:637029/1‑150 (MQ=255) 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ctattaaaaaGGTGCTACGGCACCTTATTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGATAGTCCGGTACCATAAAATCAACTGACATAATCACCGAGAGGCCAGTGATGGAGATGATAGAGAATCCGAACAGCTTg > 2:1955060/6‑150 (MQ=255) ttaaaaaGGTGCTACGGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAGGGCAGTGATGGCGATGATAGAGAAGCCGAACAGCTTgcgc > 1:1328807/3‑150 (MQ=255) taaaaaGGTGCTACGGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAGGGCAGTGATGGCGATGATAGAGAAGCCGAACAGCTTgcgcg > 2:163719/2‑150 (MQ=255) aaaaaaGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAGGGCAGTGATGGCGATGATAGAGAAGCCGAACAGCTTgcgcg > 1:1647497/1‑150 (MQ=255) aaaaaGGTGCTACGGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAGGGCAGTGATGGCGATGATAGAGAAGCCGAACAGCTTgcgcac > 1:473336/1‑148 (MQ=255) aaaaaGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAGGGCAGTGATGGCGATGATAGAGAAGCCGAACAGCTTgcgcgc < 2:1164911/150‑1 (MQ=255) aaaaGGTGCTGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAGGGCAGTGATGGCGATGATAGAGAAGCCGAACAGCTTGCGCGcc < 2:1872430/150‑1 (MQ=255) aaaaGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAGGGCAGTGATGGCGATGATAGAGAAGCCGAACAGCTTGCGCGcc < 2:1864624/150‑1 (MQ=255) ggTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAGGGCAGTGATGGCGATGATAGAGAAGCCGAACAGCTTGCGCGCCCAGa > 2:1174750/1‑150 (MQ=255) | CCTGGCGTCATTTTATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAGGGCAGTGATGGCGATGATAGAGAAGCCGAACAGCTTGCGCGCCCAGA > NC_000913/446641‑446930 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |