| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,577,660 | C→T | 6.2% | intergenic (‑68/+71) | gntK ← / ← gntR | D‑gluconate kinase, thermostable/DNA‑binding transcriptional repressor GntR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,577,660 | 0 | C | T | 6.2% | 349.9 / 6.9 | 111 | intergenic (‑68/+71) | gntK/gntR | D‑gluconate kinase, thermostable/DNA‑binding transcriptional repressor GntR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/53); new base T (2/5); total (53/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
CTTCACTGGCGACCGCAGATTTGCCGCTGCCCGATACGCCCATCAAGACGTAAATGTGGTGATCATGGTTAGTCGTGCTCAAAGTGGTGCCCCCACAATACAAGAATTAAAAATGTTACGGGTAACTGTTATCGGTAACATTGTCCAGCCGGACAATATCAGAAGCAATATCCATCCATGCCTTAAGTGTATAAGTGTGAGCTACTTCAAATTTGTGGGCTTAAATAGATCCGCCCGGTGACAAGGTGAAACCTAAATCTAACATTTTCGGTGTCACAGATTCGCCACGAATACGCG > NC_000913/3577511‑3577807 | cTTCACTGGCGACCGCAGATTTGCCGCTGCCCGATACGCCCATCAAGACGTAAATGTGGTGATCATGGTTAGTCGTGCTCAAAGTGGTGCCCCCACAATACAAGAATTAAAAATGTTACGGGTAACTGTTATCGGTAACATTGTCCAGcc < 2:564347/150‑1 (MQ=255) aCTGGCGACCGCAGATTTGCCGCTGCCCGATACGCCCATCAAGACGTAAATGTGGTGATCATGGTTAGTCGTGCTCAAAGTGGTGCCCCCACAATACAAGAATTAAAAATGTTACGGGTAACTGTTATCGGTAACATTGTCCAGCCGGAc < 2:1300309/150‑1 (MQ=255) aCTGGCGACCGCAGATTTGCCGCTGCCCGATACGCCCATCAAGACGTAAATGTGGTGATCATGGTTAGTCGTGCTCAAAGTGGTGCCCCCACAATACAAGAATTAAAAATGTTACGGGTAACTGTTATCGGTAACATTGTCCAGCCGGAc < 1:719090/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |