| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,654,555 | C→A | 5.5% | intergenic (+28/‑128) | slp → / → dctR | starvation lipoprotein/putative DNA‑binding transcriptional regulator DctR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,654,555 | 0 | C | A | 5.5% | 882.6 / 25.5 | 256 | intergenic (+28/‑128) | slp/dctR | starvation lipoprotein/putative DNA‑binding transcriptional regulator DctR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (133/109); new base A (4/10); total (137/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.51e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
TGGTTAATACCACCTATAACCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACTATTATTATTATAAGCCCTGTCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGG > NC_000913/3654406‑3654704 | tGGTTAATACCACCTATAACCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTtctc < 1:52142/150‑1 (MQ=255) ggTTAATACCACCTATAACCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCa > 1:1782420/1‑150 (MQ=255) ggTTAATACCACCTATAACCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCa > 1:600783/1‑150 (MQ=255) caccTATAACCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTTCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGca < 2:1537987/150‑1 (MQ=255) caccTATAACCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGca < 2:151083/150‑1 (MQ=255) caccTATAACCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGca < 1:914713/150‑1 (MQ=255) caccTATAACCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGca < 1:200900/150‑1 (MQ=255) caccTATAACCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTGAGAAAGCATCTGca < 2:267772/150‑1 (MQ=255) ccTATAACCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGcatc > 2:555455/1‑150 (MQ=255) ccTATAACCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTGAGAAAGCATCTGcatc < 1:176431/150‑1 (MQ=255) ccTATAACCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTGAGAAAGCATCTGcatc < 1:258947/150‑1 (MQ=255) tataACCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGcatcat > 1:805655/1‑150 (MQ=255) ataACCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATg < 2:873346/150‑1 (MQ=255) aCCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGca > 2:362177/1‑142 (MQ=255) ccTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCAtt < 1:961641/150‑1 (MQ=255) ccTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTCGCCGGAACCGGCCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCAtt > 2:1464152/1‑150 (MQ=255) cTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTa > 1:1591770/1‑150 (MQ=255) cTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTa > 1:1621567/1‑150 (MQ=255) tgtgGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTg > 1:409524/1‑137 (MQ=255) tgtgGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTAc < 1:356956/150‑1 (MQ=255) tgGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACAt > 2:289246/1‑150 (MQ=255) ggATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCa < 1:194056/150‑1 (MQ=255) ttACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACCACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAAt < 1:1635125/150‑1 (MQ=255) gCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATa < 1:1040816/150‑1 (MQ=255) ggTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAg > 2:13637/1‑150 (MQ=255) tGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTa < 2:162140/150‑1 (MQ=255) aTTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGc < 1:772921/150‑1 (MQ=255) tCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTa < 2:354119/150‑1 (MQ=255) tCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTa < 1:845000/150‑1 (MQ=255) tGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAAc > 1:1513949/1‑150 (MQ=255) tGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAAc < 2:1613509/150‑1 (MQ=255) ggCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATa < 1:454686/135‑1 (MQ=255) ggCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACt > 1:1529416/1‑150 (MQ=255) ggCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACt > 1:1840445/1‑150 (MQ=255) ccGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACtat > 1:1908675/1‑150 (MQ=255) ggAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACtatta < 2:774511/150‑1 (MQ=255) gAACCGGGCTGTGGTGCGCATTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTTGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTTCATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACtattat < 1:685689/150‑1 (MQ=255) gAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACtattat < 2:805655/150‑1 (MQ=255) gAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACtattat > 2:147842/1‑150 (MQ=255) cGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACtattattatt > 2:508313/1‑150 (MQ=255) cTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACTATTATTATTATaa > 2:1988836/1‑150 (MQ=255) ggggTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACTATTATTATTATAAGc > 1:1067761/1‑150 (MQ=255) ggggTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGAAGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACTATTATTATTATAAGc > 2:243723/1‑150 (MQ=255) 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gatgcTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAAATATTATTATTATAAGCCCTGTCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTtata > 2:957498/1‑150 (MQ=255) tgcTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACTATTATTATTATAAGCCCTGTCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGCTATGTTTCTTATAAt > 2:1809421/1‑150 (MQ=255) gcTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACTATTATTATTATAAGCCCTGTCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGACGGTTATGTTTCTTATAAtt > 2:1152942/1‑150 (MQ=255) tcAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACTATTATTATTATAAGCCCTGTCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAgg < 1:508313/150‑1 (MQ=255) cAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACTATTATTATTATAAGCCCTGTCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAggg < 2:1027850/150‑1 (MQ=255) | TGGTTAATACCACCTATAACCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACTATTATTATTATAAGCCCTGTCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGG > NC_000913/3654406‑3654704 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |