Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,657,603 | 0 | T | A | 7.1% | 954.8 / 41.1 | 303 | intergenic (+36/+383) | hdeD/arrS | acid‑resistance membrane protein/small regulatory RNA ArrS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (164/117); new base A (17/5); total (181/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.13e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
GGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAA‑TTTTTTTCACTCTATGGCAAATTAGCCATTTCAA > NC_000913/3657454‑3657752 | cGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCACTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACATCAAGTGACTATGa > 2:1174704/1‑150 (MQ=255) gATGGTGTCTGTAACGCTGTTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCAGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGAt > 2:1426478/1‑150 (MQ=255) ggTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACATCAAGTGACTATGATCCg < 1:1174704/150‑1 (MQ=255) 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atTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCAc > 1:1108786/1‑150 (MQ=255) tttAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACt > 2:1261910/1‑150 (MQ=255) gcgcCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCa < 2:815526/150‑1 (MQ=255) cAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAaat < 1:83302/150‑1 (MQ=255) aGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAaata < 1:1297137/150‑1 (MQ=255) 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tgtgACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAA‑TTTTTTTCACTCTATGGCAAATTAGCCATTTCaa < 1:448245/150‑1 (MQ=255) | GGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAA‑TTTTTTTCACTCTATGGCAAATTAGCCATTTCAA > NC_000913/3657454‑3657752 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |