Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,658,003 | C→G | 7.1% | noncoding (52/69 nt) | arrS ← | small regulatory RNA ArrS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,658,003 | 0 | C | G | 7.1% | 1250.9 / 58.2 | 372 | noncoding (52/69 nt) | arrS | small regulatory RNA ArrS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (181/164); new base G (12/15); total (193/179) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.33e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.97e-01 |
Only 100 of 385 total aligned reads displayed.
TAAATAAGTAATCCGGGTTCATTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTTTTGTTTGCTATT > NC_000913/3657854‑3658152 | tAAATAAGTAATCCGGGTTCATTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATcc > 1:465606/1‑150 (MQ=255) tAAATAAGTAATCCGGGTTCATTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATcc < 1:1382704/150‑1 (MQ=255) aaaTAAGTAATCCGGGTTCATTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCa > 2:305231/1‑150 (MQ=255) 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ttttttGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAAc < 1:1014325/150‑1 (MQ=255) ttttttGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAAc < 2:1645583/150‑1 (MQ=255) tttGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAg > 2:564522/1‑150 (MQ=255) ttGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAgg > 2:1751474/1‑150 (MQ=255) tGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTc < 2:225686/140‑1 (MQ=255) 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ggCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTtttgtt > 1:558285/1‑150 (MQ=255) gCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTtttgttt > 1:1978542/1‑150 (MQ=255) gCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTtttgttt < 1:323359/150‑1 (MQ=255) aaTCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTTTTGTTTGc > 2:259316/1‑150 (MQ=255) aaTCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTTTTGTTTGc < 2:1446014/150‑1 (MQ=255) aaTCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTTTTGTTTGc < 2:1817719/150‑1 (MQ=255) aTCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTTTTGTTTGCt < 2:786636/150‑1 (MQ=255) ccAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTTTTGTTTGCTAt < 1:1927428/150‑1 (MQ=255) ccAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTTTTGTTTGCTAt > 1:266304/1‑150 (MQ=255) ccAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTTTTGTTTGCTAt > 1:349756/1‑150 (MQ=255) cAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTTTTGTTTGCTAtt > 2:1127908/1‑150 (MQ=255) cAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTTTTGTTTGCTAtt > 1:964893/1‑150 (MQ=255) | TAAATAAGTAATCCGGGTTCATTTTTTTGCAACTGGCGTTGATTACATTGCATAAATATCCGTGTCTCCAGACGCTATATAAAAACCTGAAGACATGAATGCGTTATTTACTCAGGTAATTTCAATGCGTTAAAAGAAAGCTGGCAATCCAATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTTTTGTTTGCTATT > NC_000913/3657854‑3658152 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |