| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,823,752 | T→G | 5.2% | A451A (GCT→GCG) ‡ | spoT → | bifunctional (p)ppGpp synthase/hydrolase SpoT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,823,752 | 0 | T | G | 5.2% | 804.2 / 26.0 | 248 | A451A (GCT→GCG) ‡ | spoT | bifunctional (p)ppGpp synthase/hydrolase SpoT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (123/112); new base G (5/8); total (128/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.39e-01 | |||||||||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
GCCGGTGCAACGCCCGTCGACTTCGCTTATGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGTGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCGCAGCCGCTTACCAGCGGTCAAACCGTTGAAATCATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGAAAGCGCGCGCCAAAATTCGTCAGTTGCTGAAAAACCTCAAGCGTGATGATTCTGTAAGCCTGGGCCGTCGTCTGCTCAACCATGCTTTGGGTGGTAGCCGTAAGCTG > NC_000913/3823603‑3823899 | gccGGTGCAACGCCCGTCGACTTCGCTTATGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGTGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCGCAGCCGCTTACCAGCGGTCAAACCGTTGAAATCATTACCGCTCCGGGCGCt < 2:1761962/150‑1 (MQ=255) ggTGCAACGCCCGTCGACTTCGCTTATGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGTGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCGCAGCCGCTTACCAGCGGTCAAACCGTTGAAATCATTACCGCTCCGGGCGCTCGc > 2:1014022/1‑150 (MQ=255) tGCAACGCCCGTCGACTTCGCTTATGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGTGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCGCAGCCGCTTACCAGCGGTCAAACCGTTGAAATCATTACCGCTCCGGGCGCTCGccc < 1:251017/150‑1 (MQ=255) 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cGCCCGTCGACTTCGCTTATGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGTGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCGCAGCCGCTTACCAGCGGTCAAACCGTTGAAATCATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATg < 2:1595312/150‑1 (MQ=255) cccGTCGACTTCGCTTATGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGTGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCGCAGCCGCTTACCAGCGGTCAAACCGTTGAAATCATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGcc > 1:1188228/1‑150 (MQ=255) cccGTCGACTTCGCTTATGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGTGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCGCAGCCGCTTACCAGCGGTCAAACCGTTGAAATCATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGcc < 1:1343654/150‑1 (MQ=255) cccGTCGACTTCGCTTATGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGTGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCGCAGCCGCTTACCAGCGGTCAAACCGTTGAAATCATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGcc < 1:1471801/150‑1 (MQ=255) cccGTCGACTTCGCTTATGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGTGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCGCAGCCGCTTACCAGCGGTCAAACCGTTGAAATCATTACCGCTCCGGGCGAGCGCCCggagcgg < 1:1142755/150‑7 (MQ=255) ccGTCGACTTCGCTTATGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGTGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCGCAGCCGCTTACCAGCGGTCAAACCGTTGAAATCATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCg > 1:105542/1‑150 (MQ=255) cGTCGACTTCGCTTATGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGTGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCGCAGCCGCTTACCAGCGGTCAAACCGTTGAAATCATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGc > 1:502500/1‑150 (MQ=255) aCTTCGCTTATGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGTGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCGCAGCCGCTTACCAGCGGTCAAACCGTTGAAATCATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGc > 1:785715/1‑150 (MQ=255) ttCGCTTATGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGTGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCGCAGCCGCTTACCAGCGGTCAAACCGTTGAAATCATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTg < 1:703291/150‑1 (MQ=255) gCTTATGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGTGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCGCAGCCGCTTACCAGCGGTCAAACCGTTGAAATCATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAAc > 1:1140462/1‑150 (MQ=255) aTGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGTGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCGCAGCCGCTTACCAGCGGTCAAACCGTTGAAATCATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTg < 1:689613/150‑1 (MQ=255) tGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGTGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCGCAGCCGCTTACCAGCGGTCAAACCGTTGAAATCATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGt < 1:1520526/150‑1 (MQ=255) gTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGTGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCGCAGCCGCTTACCAGCGGTCAAACCGTTGAAATCATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGtt < 1:1495872/150‑1 (MQ=255) tGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGTGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCGCAGCCGCTTACCAGCGGTCAAACCGTTGAAATCATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTa > 2:1215358/1‑150 (MQ=255) cATACCGATATCGGTCATGCCTGCGTGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCGCAGCCGCTTACCAGCGGTCAAACCGTTGAAATCATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTg < 2:216508/131‑1 (MQ=255) 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2:1810647/110‑1 (MQ=255) cAAACCGTTGAAATCATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGAAAGCGCGCGCCAAAATTCGTCAGTTGCTGAAAAACCt > 1:1810647/1‑110 (MQ=255) aaCCGTTGAAATCATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGAAAGCGCGCGCCAAAATTCGTCAGTTGCTGAAAAACCTCAAGCGTGATGATTCTGTAAGCCTGGGCCGTCGTCTGCTCaa > 1:1426655/1‑150 (MQ=255) gTTGAAATCATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGAAAGCGCGCGCCAAAATTCGTCAGTTGCTGAAAAAcc > 2:1848191/1‑103 (MQ=255) gTTGAAATCATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGAAAGCGCGCGCCAAAATTCGTCAGTTGCTGAAAAACCTCAACCGTGAAGATTCTGTAAGCCTGGGCCGTCGTCAGCACAACCaa > 2:1776667/1‑149 (MQ=255) tGAAATCATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGAAAGCGCGCGCCAAAATTCGTCAGTTGCTGAAAAACCTCAAGCGTGATGATTCTGTAAGCCTGGGCCGTCGTCTGCTCAACCATGc > 2:364777/1‑150 (MQ=255) gAAATCATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGAAAGCGCGCGCCAAAATTCGTCAGTTGCTGAAAAACCTCAAGCGTGATGATTCTGTAAGCCTGGGCCGTCGTCTGCTCAACCATGCt > 2:1107301/1‑150 (MQ=255) cATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGAAAGCGCGCGCCAAAATTCGTCAGTTGCTGAAAAACCTCAAGCGTGATGATTCTGTAAGCCTGGGCCGTCGTCTGCTCAACCATGCTTTggg > 2:1794257/1‑150 (MQ=255) cATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGAAAGCGCGCGCCAAAATTCGTCAGTTGCTGAAAAACCTCAAGCGTGATGATTCTGTAAGCCTGGGCCGTCGTCTGCTCAACCATGCTTTggg > 2:277355/1‑150 (MQ=255) cATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGAAAGCGCGCGCCAAAATTCGTCAGTTGCTGAAAAACCTCAAGCGTGATGATTCTGTAAGCCTGGGCCGTCGTCTGCTCAACCATGCTTTggg > 1:533636/1‑150 (MQ=255) cATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGAAAGCGCGCGCCAAAATTCGTCAGTTGCTGAAAAACCTCAAGCGTGATGATTCTGTAAGCCTGGGCCGTCGTCTGCTCAACCATGCTTTggg > 2:1688312/1‑150 (MQ=255) aTTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGAAAGCGCGCGCCAAAATTCGTCAGTTGCTGAAAAACCTCAAGCGTGATGATTCTGTAAGCCTGGGCCGTCGTCTGCTCAACCATGCTTTGggt < 2:156621/150‑1 (MQ=255) ttACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGAAAGCGCGCGCCAAAATTCGTCAGTTGCTGAAAAACCTCAAGCGTGATGATTCTGTAAGCCTGGGCCGTCGTCTGCTCAACCATGCTTTGggtg < 1:1376187/150‑1 (MQ=255) ttACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGAAAGCGCGCGCCAAAATTCGTCAGTTGCTGAAAAACCTCAAGCGTGATGATTCTGTAAGCCTGGGCCGTCGTCTGCTCAACCATGCTTTGggtg < 2:502500/150‑1 (MQ=255) tACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGAAAGCGCGCGCCAAAATTCGTCAGTTGCTGAAAAACCTCAAGCGTGATGATTCTGTAAGCCTGGGCCGTCGTCTGCTCAACCATGCTTTGggtgg < 2:587957/150‑1 (MQ=255) cggcattcGGGCGAGCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGAAAGCGCGCGCCAAAATTCGTCAGTTGCTGAAAAACCTCAAGCGTGATGATTCTGTAAGCCTGGGCCGTCGTCTGCTCAACCATGCTTTGggtggt > 1:777889/8‑150 (MQ=255) cggcattcGGGCGAGCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGAAAGCGCGCGCCAAAATTCGTCAGTTGCTGAAAAACCTCAAGCGTGATGATTCTGTAAGCCTGGGCCGTCGTCTGCTCAACCATGCTTTGggtggt > 1:1940766/8‑150 (MQ=255) ggcattcGGGCGAGCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGAAAGCGCGAGCCAAAATTCGTCAGTTGCTGAAAAACCTCAAGCGAGATGATTCTGTAAGCCTGGGCCGTCGTCTGCTCAACCATGCTTTGGGTGGTa > 2:644018/7‑150 (MQ=255) ccGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGAAAGCGCGCGCCAAAATTCGTCAGTTGCTGAAAAACCTCAAGCGTGATGATTCTGTAAGCCTGGGCCGTCGTCTGCTCAACCATGCTTTg > 2:916664/1‑143 (MQ=255) cGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGAAAGCGCGCGCCAAAATTCGTCAGTTGCTGAAAAACCTCAAGCGTGATGATTCTGTAAGCCTGGGCCGTCGTCTGCTCAACCATGCTTTGGGTGGTAg < 1:331588/150‑1 (MQ=255) ccGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGCAAGCGCGCGCCAAAATTCGTCAGTTGCTGAAAAACCTCAAGCGTGATGATTCTGTAAGCCTGGGCCGTCGTCTGCTCAACCATGCTTTGGGTGGTAGCCGt > 1:1118024/1‑150 (MQ=255) ccGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGAAAGCGCGCGCCAAAATTCGTCAGTTGCTGAAAAACCTCAAGCGTGATGATTCTGTAAGCCTGGGCCGTCGTCTGCTCAACCATGCTTTGGGTGGTAGCCGt > 1:1089502/1‑150 (MQ=255) ccGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGAAAGCGCGCGCCAAAATTCGTCAGTTGCTGAAAAACCTCAAGCGTGATGATTCTGTAAGCCTGGGCCGTCGTCTGCTCAACCATGCTTTGGGTGGTAGCCGt < 2:208679/150‑1 (MQ=255) cGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGAAAGCGCGCGCCAAAATTCGTCAGTTGCTGAAAAACCTCAAGCGTGATGATTCTGTAAGCCTGGGCCGTCGTCTGCTCAACCATGCTTTGGGTGGTAGCCGTa < 2:1990387/150‑1 (MQ=255) ggCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGAAAGCGCGCGCCAAAATTCGTCAGTTGCTGAAAAACCTCAAGCGTGATGATTCTGTAAGCCTGGGCCGTCGTCTGCTCAACCATGCTTTGGGTGGTAGCCGTAAg < 2:1668860/150‑1 (MQ=255) | GCCGGTGCAACGCCCGTCGACTTCGCTTATGCAGTGCATACCGATATCGGTCATGCCTGCGTGGGCGCACGCGTTGACCGCCAGCCTTACCCGCTGTCGCAGCCGCTTACCAGCGGTCAAACCGTTGAAATCATTACCGCTCCGGGCGCTCGCCCGAATGCCGCTTGGCTGAACTTTGTCGTTAGCTCGAAAGCGCGCGCCAAAATTCGTCAGTTGCTGAAAAACCTCAAGCGTGATGATTCTGTAAGCCTGGGCCGTCGTCTGCTCAACCATGCTTTGGGTGGTAGCCGTAAGCTG > NC_000913/3823603‑3823899 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |