Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,891,506 | C→G | 7.3% | intergenic (+23/‑109) | tnaB → / → mdtL | tryptophan:H(+) symporter TnaB/efflux pump MdtL |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,891,506 | 0 | C | G | 7.3% | 881.3 / 36.4 | 262 | intergenic (+23/‑109) | tnaB/mdtL | tryptophan:H(+) symporter TnaB/efflux pump MdtL |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (120/121); new base G (7/13); total (128/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
GTTTCCCAATCAGATGTTCACGGTCTGGGGCGGCAATCTTATTCCGGCGATTGTCATTCTCTTTGGTATAACCGTGATTTTGTGCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACT > NC_000913/3891357‑3891655 | gTTTCCCAATCAGATGTTCACGGTCTGGGGCGGCAATCTTATTCCGGCGATTGTCATTCTCTTTGGTATAACCGTGATTTTGTGCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTc > 1:1949325/1‑150 (MQ=255) cccAATCAGATGTTCACGGTCTGGGGCGGCAATCTTATTCCGGCGATTGTCATTCTCTTTGGTATAACCGTGATTTTGTGCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTg > 1:410324/1‑150 (MQ=255) cccAATCAGATGTTCACGGTCTGGGGCGGCAATCTTATTCCGGCGATTGTCATTCTCTTTGGTATAACCGTGATTTTGTGCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTg < 2:1002629/150‑1 (MQ=255) 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1:446566/129‑1 (MQ=255) gccagccaTTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGccc > 1:946779/1‑150 (MQ=255) gccagccaTTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGccc > 1:816246/1‑150 (MQ=255) cagccaTTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGATTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTg > 2:130166/1‑150 (MQ=255) agccaTTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTgg < 2:200990/150‑1 (MQ=255) gccaTTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCttt < 2:291444/110‑1 (MQ=255) tCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTAc < 2:1059161/150‑1 (MQ=255) | GTTTCCCAATCAGATGTTCACGGTCTGGGGCGGCAATCTTATTCCGGCGATTGTCATTCTCTTTGGTATAACCGTGATTTTGTGCTGGTTCGGCAACGTCTTTAACGTGTTACCTAAATTTGGCTAAATCCTTCAAGAAGCCAGCCATTCGCTGGCTTCTTGCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACT > NC_000913/3891357‑3891655 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |