Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,918,304 | A→G | 8.2% | intergenic (‑39/+12) | atpG ← / ← atpA | ATP synthase F1 complex subunit gamma/ATP synthase F1 complex subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,918,304 | 0 | A | G | 8.2% | 818.3 / 45.2 | 282 | intergenic (‑39/+12) | atpG/atpA | ATP synthase F1 complex subunit gamma/ATP synthase F1 complex subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (143/114); new base G (9/14); total (152/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.89e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.92e-01 |
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
TCCTGCGATTTACGCATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGACGTAAGCCAGCAGAGCGGC > NC_000913/3918156‑3918453 | tCCTGCGATTTACGCATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAg < 2:1703112/150‑1 (MQ=255) cTGCGATTTACGCATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCTTGCCTTAGGGCAGgcc < 2:1927196/150‑1 (MQ=255) cTGCGATTTACGCATTTTGGAAGCGGAGAACATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAgcc > 2:1301956/1‑150 (MQ=255) tGCGATTTACGCATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCTTGCCTTAGGGCAGgccg < 1:53616/150‑1 (MQ=255) tGCGATTTACGCATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAgccg > 2:1039028/1‑150 (MQ=255) tGCGATTTACGCATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAgccg > 1:1336411/1‑150 (MQ=255) ccGATTTACGCATTTTGAAAGCGGCTACCAAATCCATCGATTAAGTGATCTTTTGCGTATTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCATAAGGCAAcccgc > 2:1825782/2‑150 (MQ=255) aTTTACGCATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCTTGCCTTAGGGCAGGCCGCAAg < 2:10696/150‑1 (MQ=255) tttACGCATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCTTGCCTTAGGGCAGGCCGCAAgg < 1:1583950/150‑2 (MQ=255) tttACGCATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCTTGCCTTAGGGCAGGCCGCAAgg < 1:1015050/150‑2 (MQ=255) taagCATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCAATCGCTTTAGTGATCTTTTCCGTGTTCTGTACGATTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACg > 2:1537862/4‑150 (MQ=255) aCGCATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCTTGCCTTAGGGCAGGCCGCAAggcat < 2:704647/150‑5 (MQ=255) cGCATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCATTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGtt > 2:874297/1‑150 (MQ=255) tttGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAg < 1:364509/150‑1 (MQ=255) ttGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCTTGCCTTAGGGCAGGCCGCAAggc > 2:1025437/1‑139 (MQ=255) ggAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGAt > 2:1864551/1‑150 (MQ=255) gAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGAtt > 1:860967/1‑150 (MQ=255) gAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGAtt < 1:999102/150‑1 (MQ=255) cgtcgACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGt < 1:1272442/147‑1 (MQ=255) gcgACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTg > 1:1719934/1‑150 (MQ=255) cgACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGc < 2:255587/150‑1 (MQ=255) aCCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGcgt > 1:468706/1‑148 (MQ=255) aCCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCtt < 1:1975549/150‑1 (MQ=255) aCCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCtt < 2:248764/150‑1 (MQ=255) aCCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCtt > 1:435451/1‑150 (MQ=255) ccATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCttt < 2:1138731/150‑1 (MQ=255) aTCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGa < 1:592358/150‑1 (MQ=255) tctcCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGaa < 1:958871/150‑1 (MQ=255) ctcCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAg > 2:673618/1‑150 (MQ=255) ctcCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAg < 2:633800/150‑1 (MQ=255) ccATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGa < 2:1850181/150‑1 (MQ=255) cATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGaa > 2:1898113/1‑150 (MQ=255) ggCTTTATTGATCTTTTGAGTGTTCTGTACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCGGGCCATGAGCTTCTCCTAAATGCCTTGCGTCCTGCCCTAATGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGGTGCTTTGAAGGAATCg < 2:230160/149‑1 (MQ=255) 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tGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCt < 1:622493/150‑1 (MQ=255) gtgtTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCATCTTGc > 2:906838/1‑150 (MQ=255) gtTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCt < 1:281227/150‑1 (MQ=255) gtTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCt > 1:877540/1‑150 (MQ=255) tCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTc > 1:1642845/1‑150 (MQ=255) 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cTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGa > 2:782752/1‑150 (MQ=255) tcctcAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGt > 1:841188/1‑150 (MQ=255) cctcAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTg > 2:277753/1‑135 (MQ=255) cctcAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTg > 2:1249229/1‑150 (MQ=255) gCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACgg > 1:1679780/1‑150 (MQ=255) 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cAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGACGTAAGCCAGCAGAGCg > 1:331742/1‑150 (MQ=255) | TCCTGCGATTTACGCATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGACGTAAGCCAGCAGAGCGGC > NC_000913/3918156‑3918453 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |