| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,926,471 | T→A | 5.1% | intergenic (‑16/+74) | mioC ← / ← asnC | flavoprotein MioC/DNA‑binding transcriptional dual regulator AsnC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,926,471 | 0 | T | A | 5.1% | 783.2 / 19.8 | 237 | intergenic (‑16/+74) | mioC/asnC | flavoprotein MioC/DNA‑binding transcriptional dual regulator AsnC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (119/106); new base A (6/6); total (125/112) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
GGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGTTGGGATCTACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAGGGCTTGATGGTACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTCGGTGGACTGAATTTCATCAATTGTT > NC_000913/3926322‑3926620 | ggTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTttat > 1:1161800/1‑150 (MQ=255) aaTCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTATAACCCGCCTCTTCCCGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAag < 2:1252108/150‑1 (MQ=255) tctAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTgg < 1:1553261/150‑1 (MQ=255) ctAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACTCTTAATAAAGGTGGc < 1:1453638/150‑1 (MQ=255) ctAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGc > 2:782097/1‑150 (MQ=255) tAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTCCAGCTTTTTAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCg < 2:487040/150‑1 (MQ=255) tAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCg < 1:1250668/150‑1 (MQ=255) aaCAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGt > 2:448008/1‑150 (MQ=255) cAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTAt > 2:114134/1‑150 (MQ=255) aGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTAtt > 1:1451088/1‑150 (MQ=255) cGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACTCTTAATAAAGGTGGCggtttat < 1:1222150/150‑7 (MQ=255) ccGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGc < 1:210882/150‑1 (MQ=255) gCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCtgtg > 2:1368266/1‑150 (MQ=255) 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aaCCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGTTGGGATCTAcc > 1:1077746/1‑150 (MQ=255) cGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGTTGGGATCTACCtgtg < 2:1966488/150‑1 (MQ=255) ccTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGTTGGGATCTACCTGTGGa < 1:25407/150‑1 (MQ=255) tctTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGTTGGGATCTACCTGTGGaaa > 2:1120546/1‑150 (MQ=255) tctTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGTTGGGATCTACCTGTGGaaa < 1:85910/150‑1 (MQ=255) tCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAaga < 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ggTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGTTGGGATCTACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGc > 1:292388/1‑150 (MQ=255) tGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGTTGGGATCTACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAg < 1:434983/150‑1 (MQ=255) cTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGTTGGGATCTACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAggg < 1:817786/150‑1 (MQ=255) tACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGTTGGGATCTACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAGGGc > 2:847616/1‑150 (MQ=255) aCATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGTTGGGATCTACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAGGGCt > 2:1304679/1‑150 (MQ=255) 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atTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGTTGGGATCTACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAGGGCTTGAt < 2:28825/150‑1 (MQ=255) atTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGTTGGGATCTACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAGGGCTTGAt > 1:376954/1‑150 (MQ=255) tCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGTTGGGATCTACCTGTGGAAAAGTATggg > 1:1647843/1‑122 (MQ=255) cGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGTTGGGATCTACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATc < 2:258384/137‑1 (MQ=255) cGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGTTGGGATCTACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATc > 1:258384/1‑137 (MQ=255) cGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGTTGGGATCTACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAGGGCTTg < 2:762745/145‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |