| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,927,125 | C→A | 6.7% | intergenic (‑122/‑30) | asnC ← / → asnA | DNA‑binding transcriptional dual regulator AsnC/asparagine synthetase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,927,125 | 0 | C | A | 6.7% | 1205.1 / 42.0 | 356 | intergenic (‑122/‑30) | asnC/asnA | DNA‑binding transcriptional dual regulator AsnC/asparagine synthetase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (177/154); new base A (16/9); total (193/163) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 361 total aligned reads displayed.
CCAGATTGTCGATCAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACGTCAAATTAGCTTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTGGAAGAACGTCTGGGGCTGATCGAAGTCCAGGCGCCGATTCTTAGCCGTGTG > NC_000913/3926976‑3927274 | ccAGATTGTCGATCAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATc > 1:1429577/1‑150 (MQ=255) aGATTGTCGATCAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATCAt > 2:633478/1‑150 (MQ=255) ttGTCGATCAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATCATAAg < 2:1840597/150‑1 (MQ=255) 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aTCAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTATGATTAAGCAACaa < 2:1662135/150‑2 (MQ=255) tCAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAgg < 2:1695005/150‑1 (MQ=255) tCAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAgg < 2:319401/150‑1 (MQ=255) cAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTATGATTAAGCAACaa < 1:477276/148‑2 (MQ=255) cAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTATGATTAAGCAACaa > 2:477276/1‑147 (MQ=255) 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1:245414/150‑1 (MQ=255) tcctgttgCTTATGATTAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACGTCAAATTAGCTTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTGGAAGAACGTCTGGGGCTGATCGAAGTCCAGGCGCCGa > 1:1893101/4‑150 (MQ=255) tttGTTGCTTAATCATAATCAACAGGACGCATGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAAAAACGTCAAATTAGATTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTTGAAGAACGTCTGGGGCTGATCGAAGTCCAGGCGCCGAt < 2:766633/150‑1 (MQ=255) ttgCTTAATCATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACGTCAAATTAGCTTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTGGAAGAACGTCTGGGGCTGATCGAAGTCCAGGCGCCGATTCtt < 2:1509466/150‑1 (MQ=255) tgCTTAATCATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACGTCAAATTAGCTTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTGGAAGAACGTCTGGGGCTGATCGAAGTCCAGGCGCCGATTCTTa < 1:1334264/150‑1 (MQ=255) gCTTAATCATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACGTCAAATTAGCTTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTGGAAGAACGTCTgggg > 2:1752157/1‑121 (MQ=255) 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cATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACGTCAAATTAGCTTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTGGAAGAACGTCTGGGGCTGATCGAAGTCCAGGCGCCGATTCTTAGCCGtgtg > 1:1469907/1‑150 (MQ=255) | CCAGATTGTCGATCAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACGTCAAATTAGCTTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTGGAAGAACGTCTGGGGCTGATCGAAGTCCAGGCGCCGATTCTTAGCCGTGTG > NC_000913/3926976‑3927274 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |