Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,927,126 | A→T | 6.3% | intergenic (‑123/‑29) | asnC ← / → asnA | DNA‑binding transcriptional dual regulator AsnC/asparagine synthetase A |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,927,126 | 0 | A | T | 6.3% | 1154.8 / 39.8 | 360 | intergenic (‑123/‑29) | asnC/asnA | DNA‑binding transcriptional dual regulator AsnC/asparagine synthetase A |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (181/156); new base T (14/9); total (195/165) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.26e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 360 total aligned reads displayed.
AGATTGTCGATCAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACGTCAAATTAGCTTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTGGAAGAACGTCTGGGGCTGATCGAAGTCCAGGCGCCGATTCTTAGCCGTGTG > NC_000913/3926978‑3927274 | aGATTGTCGATCAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATCAt > 2:633478/1‑150 (MQ=255) ttGTCGATCAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATCATAAg < 2:1905885/150‑1 (MQ=255) tGTCGATCAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGc < 1:1459247/150‑1 (MQ=255) 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tCAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAgg < 2:1695005/150‑1 (MQ=255) cAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTATGATTAAGCAACaa > 2:477276/1‑147 (MQ=255) cAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTATGATTAAGCAACaa < 1:477276/148‑2 (MQ=255) aGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGAc > 2:1646339/1‑150 (MQ=255) aGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATCGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGAc > 2:488412/1‑150 (MQ=255) 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attcTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAAACGCTTACATTGCCAaacaa > 1:661871/1‑150 (MQ=255) ttcTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAaacaac > 2:1683669/1‑150 (MQ=255) tcTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACg > 1:1220177/1‑150 (MQ=255) aTTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTg > 2:1388147/1‑137 (MQ=255) ttAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACGTCAAAt < 2:1944133/150‑1 (MQ=255) 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cGGTTTTTGTTGCTTAATAATAACCAAAAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCACTAAAATTGCCAAACAACGTCAAATTATATTCGTCAAATCTAACTTTTCTCGTCAACTTGAAGAAATTCTGGGTCTGATAGAAGTcaactcg > 2:1819658/1‑144 (MQ=255) gTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACGTCAAATTAGCTTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTGGAAGAACGTCTGGGGCTGATCGAAGTCCAGGCGcc < 1:245414/150‑1 (MQ=255) tcctgttgCTTATGATTAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAACACCGCTTACATTGCCAAACACCGTCAAATTAGCTTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTGGAAGAACGTCTGGGGCTGATCGAAGTCCCGGCGCCgg > 1:1823775/4‑149 (MQ=255) tttGTTGCTTAATCATAATCAACAGGACGCATGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAAAAACGTCAAATTAGATTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTTGAAGAACGTCTGGGGCTGATCGAAGTCCAGGCGCCGAt < 2:766633/150‑1 (MQ=255) ctgttgCTTATGATTAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACGTCAAATTAGCTTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTGGAAGAACGTCTGGGGCTGATCGAAGTCCAGGCGCCGAtt > 1:1893867/2‑150 (MQ=255) 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aTCATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACGTCAAATTAGCTTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTGGAAGAACGTCTGGGGCTGATCGAAGTCCAGGCGCCGATTCTTAGCCgtg > 2:626484/1‑150 (MQ=255) | AGATTGTCGATCAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACGTCAAATTAGCTTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTGGAAGAACGTCTGGGGCTGATCGAAGTCCAGGCGCCGATTCTTAGCCGTGTG > NC_000913/3926978‑3927274 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |