| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,080,034 | 0 | G | T | 6.4% | 955.2 / 34.9 | 280 | intergenic (+65/+265) | yiiF/fdhE | protein YiiF/formate dehydrogenase formation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (117/145); new base T (10/8); total (127/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
AGCAAGAACCAGTGTTCCTGGCATCTGGCAAGGGTGTGAGGAAGATGGTGTCGAATATCAGCGTAAGCTGCGCGAGGAATGGTAATGGGAAAAAATGATGTCAATCAGATTGCTGACAACGTGCGCGTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAGTCGTATAAATTCAATGTATTGCAGTTTATTGGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATCTTACGCTTGTCATCAGTCTCATGCCCATAACCTTATTGATGTGGTGGTGGGTAAATTGAGGC > NC_000913/4079885‑4080183 | aGCAAGAACCAGTGTTCCTGGCATCTGGCAAGGGTGTGAGGAAGATGGTGTCGAATATCAGCGTAAGCTGCGCGAGGAATGGTAATGGGAAAAAATGATGTCAATCAGATTGCTGACAACGTGCGCGTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTg < 2:654696/150‑1 (MQ=255) gCAAGAACCAGTGTTCCTGGCATCTGGCAAGGGTGTGAGGAAGATGGTGTCGAATATCAGCGTAAGCTGCGCGAGGAATGGTAATGGGAAAAAATGATGTCAATCAGATTGCTGACAACGTGCGCGTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGa > 1:1115302/1‑150 (MQ=255) cAAGAACCAGTGTTCCTGGCATCTGGCAAGGGTGTGAGGAAGATGGTGTCGAATATCAGCGTAAGCTGCGCGAGGAATGGTAATGGGAAAAAATGATGTCAATCAGATTGCTGACAACGTGCGCGTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGaa > 2:313997/1‑150 (MQ=255) 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ccGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCCTACAAAGTCGTATAAATTCAATGTATTGCAGTTTATTGGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATCTTACGCTTGTCATCAGTCTCATGCCCATAACCTTATTGATgtggtggtg > 2:1378852/1‑150 (MQ=38) cGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCCTACAAAGTCGTATAAATTCAATGTATTGCAGTTTATTGGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATCTTACGCTTGTCATCAGTCTCATGCCCATAACCTTATTGATGtggtggtgg > 1:1051632/1‑150 (MQ=38) ggATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAGTCGTATAAATTCAATGTATTGCAGTTTATTGGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATCTTACGCTTGTCATCAGTCTCATGCCCATAACCTTATTGATGTGGTGGTggg < 1:338355/150‑1 (MQ=255) cggcgTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAGTCGTATAAATTCAATGTATTGCAGTTTATTGGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATCTTACGCTTGTCATCAGTCTCATGCCCATAACCTTATTGATGTGGTGGTGGGTAAAt < 1:476332/150‑1 (MQ=255) cggcgTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAGTCGTATAAATTCAATGTATTGCAGTTTATTGGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATCTTACGCTTGTCATCAGTCTCATGCCCATAACCTTATTGATGTGGTGGTGGGTAAAt > 1:1516413/1‑150 (MQ=255) 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gAACGCCTTATCCGGCCTACAAAGTCGTATAAATTCAATGTATTGCAGTTTATTGGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATCTTACGCTTGTCATCAGTCTCATGCCCATAACCTTATTGATGTGGTGGTGGGTAAATTGAGGc < 1:987925/150‑1 (MQ=255) | AGCAAGAACCAGTGTTCCTGGCATCTGGCAAGGGTGTGAGGAAGATGGTGTCGAATATCAGCGTAAGCTGCGCGAGGAATGGTAATGGGAAAAAATGATGTCAATCAGATTGCTGACAACGTGCGCGTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAGTCGTATAAATTCAATGTATTGCAGTTTATTGGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATCTTACGCTTGTCATCAGTCTCATGCCCATAACCTTATTGATGTGGTGGTGGGTAAATTGAGGC > NC_000913/4079885‑4080183 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |