| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 569,160 | G→T | 9.5% | D87Y (GAC→TAC) ‡ | ybcK → | DLP12 prophage; putative recombinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 569,160 | 0 | G | T | 9.5% | 497.1 / 25.5 | 153 | D87Y (GAC→TAC) ‡ | ybcK | DLP12 prophage; putative recombinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (64/74); new base T (6/9); total (70/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
ATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATTAATAAAAGCCATACTT > NC_000913/569011‑569309 | ttattaTCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGa > 1:825953/1‑150 (MQ=255) atCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGACAGAc > 2:281129/1‑150 (MQ=255) tCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGACAGACt < 2:1891842/150‑1 (MQ=255) 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tGAAAGTCTGTCCAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGcc < 1:873412/135‑1 (MQ=255) tGAAAGTCTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTAtt < 2:881009/79‑1 (MQ=255) tGAAAGTCTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTAtt > 1:881009/1‑79 (MQ=255) tGAAAGTCTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATTAATaaa < 1:1086820/150‑1 (MQ=255) gAAAGTCTGTCCAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATTAATaaaa > 2:719726/1‑150 (MQ=255) aaaGTCTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATTAATAAAAg < 1:1902060/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |