| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,130,005 | G→A | 5.3% | L57L (TTG→TTA) | metL → | fused aspartate kinase/homoserine dehydrogenase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,130,005 | 0 | G | A | 5.3% | 797.1 / 19.8 | 243 | L57L (TTG→TTA) | metL | fused aspartate kinase/homoserine dehydrogenase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (119/111); new base A (7/6); total (126/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
GGGGCGAAAGGTCGTCAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGA > NC_000913/4129856‑4130154 | ggggCGAAAGGTCGTCAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTg < 1:780281/150‑1 (MQ=255) cGAAAGGTCGTCAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTa > 2:1614712/1‑150 (MQ=255) aaGGTCGTCAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACt < 1:977518/150‑1 (MQ=255) 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> 1:1534296/1‑150 (MQ=255) aGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGAcc > 2:148940/1‑150 (MQ=255) gTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCt > 1:299902/1‑150 (MQ=255) ttGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCtt < 2:1806981/150‑1 (MQ=255) tGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTg < 2:369995/150‑1 (MQ=255) gATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGa > 2:1229595/1‑150 (MQ=255) | GGGGCGAAAGGTCGTCAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGA > NC_000913/4129856‑4130154 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |