Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,130,008 | T→C | 5.2% | I58I (ATT→ATC) | metL → | fused aspartate kinase/homoserine dehydrogenase 2 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,130,008 | 0 | T | C | 5.2% | 779.8 / 21.3 | 248 | I58I (ATT→ATC) | metL | fused aspartate kinase/homoserine dehydrogenase 2 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (124/111); new base C (7/6); total (131/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.72e-01 |
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
GCGAAAGGTCGTCAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCG > NC_000913/4129859‑4130157 | gAAAGGTCGTCAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTaa > 2:1528209/1‑150 (MQ=255) aaGGTCGTCAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACt < 2:1939648/150‑1 (MQ=255) ggTCGTCAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTgg > 1:740861/1‑150 (MQ=255) 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cTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTgcg < 1:122891/150‑1 (MQ=255) ggCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCAGCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTGTGCGCa < 2:1304104/150‑1 (MQ=255) gtgAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGtt > 1:228950/1‑150 (MQ=255) tgAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTc < 2:1679480/150‑1 (MQ=255) aGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCTGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTcaac < 1:669505/150‑1 (MQ=255) 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accacTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCtttt > 1:1230382/1‑150 (MQ=255) accacTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCtttt > 2:1586396/1‑150 (MQ=255) ccacTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTg < 1:163001/150‑1 (MQ=255) ccacTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTg < 2:1214466/150‑1 (MQ=255) ttcaaCCAGTTAATCAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTc > 1:1012298/4‑150 (MQ=255) 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GCGAAAGGTCGTCAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCG > NC_000913/4129859‑4130157 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |