| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 569,161 | A→C | 9.8% | D87A (GAC→GCC) ‡ | ybcK → | DLP12 prophage; putative recombinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 569,161 | 0 | A | C | 9.8% | 441.3 / 37.5 | 155 | D87A (GAC→GCC) ‡ | ybcK | DLP12 prophage; putative recombinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (65/73); new base C (6/9); total (72/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
TTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATTAATAAAAGCCATACTTAT > NC_000913/569012‑569311 | ttattaTCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGa < 2:1674767/150‑1 (MQ=255)ttattaTCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGa > 1:825953/1‑150 (MQ=255) atCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGACAGAc > 2:1411139/1‑150 (MQ=255) 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aGTTGAAAGTCTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTCAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACATTACAGTCTATAATATTGAGTCTTTGAATGAGCCATATTCATtaat > 1:1062650/1‑150 (MQ=255) gTTGAAAGTCTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCtt > 2:1105189/1‑127 (MQ=255) gTTGAAAGTCTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCtt < 1:1105189/127‑1 (MQ=255) cttGAAAGTCTGTCCAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATtaata > 1:636280/2‑150 (MQ=255) tGAAAGTCTGTCCAGCCTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAAATGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATTAATaaa > 1:693872/1‑150 (MQ=255) tGAAAGTCTGTCCAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGcc < 1:873412/135‑1 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TTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATTAATAAAAGCCATACTTAT > NC_000913/569012‑569311 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |