| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,362,528 | G→A | 5.7% | intergenic (‑594/+23) | cadC ← / ← pheU | DNA‑binding transcriptional activator CadC/tRNA‑Phe |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,362,528 | 0 | G | A | 5.7% | 908.9 / 24.2 | 280 | intergenic (‑594/+23) | cadC/pheU | DNA‑binding transcriptional activator CadC/tRNA‑Phe |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (137/126); new base A (10/6); total (148/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
AGTGCTATAGCTCAGGAACAAATTTTCCCGAATTGGGATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGTGGAGGTCCGTTTATATGAATTTGGTGCCCGGACTCGGAATCGAACCAAGGACACGGGGATTTTCAATCCCCTGCTCTACCGACTGAGCTATCCGGGCAACGGGGCGCATTAAACCGTAATCTGCACATCTCGTCAACCTAATTTCAGT > NC_000913/4362380‑4362677 | aGTGCTATAGCTCAGGAACAAATTTTCCCGAATTGGGATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGt > 2:915072/1‑150 (MQ=255)aGTGCTATAGCTCAGGAACAAATTTTCCCGAATTGGGATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGt > 2:351722/1‑150 (MQ=255) tGCTATAGCTCAGGAACAAATTTTCCCGAATTGGGATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGTgg > 1:1076086/1‑150 (MQ=255) tGCTATAGCTCAGGAACAAATTTTCCCGAATTGGGATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGTgg < 1:285034/150‑1 (MQ=255) gCTATAGCTCAGGAACAAATTTTCCCGAATTGGGATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGTGGa > 2:1581201/1‑150 (MQ=255) cTATAGCTCAGGAACAAATTTTCCCGAATTGGGATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGTGGAg < 1:547904/150‑1 (MQ=255) gCTCAGGAACAAATTTTCCCGAATTGGGATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGTGGAGGTCCg > 2:1509025/1‑150 (MQ=255) gCTCAGGAACAAATTTTCCCGAATTGGGATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGTGGAGGTCCg > 1:1881033/1‑150 (MQ=255) 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ggATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGTGGAGGTCCGTTTATATGAATTTGGTGCCCGGACTc < 2:322985/150‑1 (MQ=255) gATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGTGGAGGTCCGTTTATATGAATTTGGTGCCCGGACTCg < 2:258324/150‑1 (MQ=255) gATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGTGGAGGTCCGTTTATATGAATTTGGTGCCCGGACTCg < 1:485099/150‑1 (MQ=255) tatGCCCGCATATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGAGTTGGAGGCAGAACGCTTAACTCGTGGCGTCATGAAACGAAAAACGGACCTCCGTGGAGGTCCGTTTATATGAATTTGGTGCCCGGACTCTGa < 2:1048147/150‑1 (MQ=255) tatGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGTGGAGGTCCGTTTATATGAATTTGGTGCCCGGACTCGGa > 2:1983788/1‑150 (MQ=255) 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cGTGGAGGTCCGTTTATATGAATTTGGTGCCCGGACTCGGAATCGAACCAAGGACACGGGGATTTTCAATCCCCTGCTCTACCGACTGAGCTATCCGGGCAACGGGGCGCATTAAACCGTAATCTGCACATCTCGTCAACCTAATTTCAg < 2:133/150‑1 (MQ=255) | AGTGCTATAGCTCAGGAACAAATTTTCCCGAATTGGGATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGTGGAGGTCCGTTTATATGAATTTGGTGCCCGGACTCGGAATCGAACCAAGGACACGGGGATTTTCAATCCCCTGCTCTACCGACTGAGCTATCCGGGCAACGGGGCGCATTAAACCGTAATCTGCACATCTCGTCAACCTAATTTCAGT > NC_000913/4362380‑4362677 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |