| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,362,529 | T→C | 5.7% | intergenic (‑595/+22) | cadC ← / ← pheU | DNA‑binding transcriptional activator CadC/tRNA‑Phe |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,362,529 | 0 | T | C | 5.7% | 866.2 / 25.9 | 277 | intergenic (‑595/+22) | cadC/pheU | DNA‑binding transcriptional activator CadC/tRNA‑Phe |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (135/126); new base C (10/6); total (145/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
AGTGCTATAGCTCAGGAACAAATTTTCCCGAATTGGGATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGTGGAGGTCCGTTTATATGAATTTGGTGCCCGGACTCGGAATCGAACCAAGGACACGGGGATTTTCAATCCCCTGCTCTACCGACTGAGCTATCCGGGCAACGGGGCGCATTAAACCGTAATCTGCACATCTCGTCAACCTAATTTCAGTA > NC_000913/4362380‑4362678 | aGTGCTATAGCTCAGGAACAAATTTTCCCGAATTGGGATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGt > 2:915072/1‑150 (MQ=255)aGTGCTATAGCTCAGGAACAAATTTTCCCGAATTGGGATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGt > 2:351722/1‑150 (MQ=255) gTGCTATAGCTCAGGAACAAATTTTCCCGAATTGGGATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGTg > 1:547523/1‑150 (MQ=255) tGCTATAGCTCAGGAACAAATTTTCCCGAATTGGGATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGTgg < 1:285034/150‑1 (MQ=255) tGCTATAGCTCAGGAACAAATTTTCCCGAATTGGGATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGTgg > 1:1076086/1‑150 (MQ=255) gCTATAGCTCAGGAATAAATTTTCCCGAATTGGGATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGTGGa > 1:921183/1‑150 (MQ=255) gCTATAGCTCAGGAACAAATTTTCCCGAATTGGGATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGTGGa > 2:1581201/1‑150 (MQ=255) gCTATAGCTCAGGAACAAATTTTCCCGAATTGGGATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGTGGa < 1:1319930/150‑1 (MQ=255) aGCTCAGGAACAAATTTTCCCGAATTGGGATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGTGGAGGTcc > 1:210621/1‑150 (MQ=255) gCTCAGGAACAAATTTTCCCGAATTGGGATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGTGGAGGTCCg > 1:1881033/1‑150 (MQ=255) gCTCAGGAACAAATTTTCCCGAATTGGGATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGTGGAGGTCCg > 1:680665/1‑150 (MQ=255) gCTCAGGAACAAATTTTCCCGAATTGGGATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGTGGAGGTCCg > 1:1118812/1‑150 (MQ=255) gCTCAGGAACAAATTTTCCCGAATTGGGATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGTGGAGGTCCg > 2:1509025/1‑150 (MQ=255) 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ggATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGTGGAGGTCCGTTTATATGAATTTGGTGCCCGGACTc < 2:322985/150‑1 (MQ=255) gATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGTGGAGGTCCGTTTATATGAATTTGGTGCCCGGACTCg < 2:258324/150‑1 (MQ=255) gATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGTGGAGGTCCGTTTATATGAATTTGGTGCCCGGACTCg < 1:485099/150‑1 (MQ=255) tatGCCCGCATATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGAGTTGGAGGCAGAACGCTTAACTCGTGGCGTCATGAAACGAAAAACGGACCTCCGTGGAGGTCCGTTTATATGAATTTGGTGCCCGGACTCTGa < 2:1048147/150‑1 (MQ=255) tGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGTGGAGGTCCGTTTATATGAATTTGGTGCCCGGACTCGGAAt < 2:468563/150‑1 (MQ=255) 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AGTGCTATAGCTCAGGAACAAATTTTCCCGAATTGGGATATGCCCGCAAATTGCTGGTGATGTGGGGAGAATCTGGTTGAGTTCGGTAGAATTGATTTGGAGGCAGAACGCTTAAATCGTGGCGTCCTGAAACGAAAAACGGACCTCCGTGGAGGTCCGTTTATATGAATTTGGTGCCCGGACTCGGAATCGAACCAAGGACACGGGGATTTTCAATCCCCTGCTCTACCGACTGAGCTATCCGGGCAACGGGGCGCATTAAACCGTAATCTGCACATCTCGTCAACCTAATTTCAGTA > NC_000913/4362380‑4362678 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |